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  • gromacs-mdp-User defined thingies

    user1-grpsuser2-grpsuserint1 userint2 userint3 userint4 userreal1 userreal2 userreal3 userreal4 你可以使用这些修改代码，可以将整数、实数和组传递给子例程。

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  • gromacs-mdp-Implicit solvent

    该功能自2019版本后被移除了，官方的说明为（已翻译）：“自GROMACS-4.6以来，SIMD和多线程支持已基本中断。由于没有人想修复它，该功能已被删除。仍然可以读取带有此类模拟参数的旧力场文件，但会忽略这些参数。”如果要用隐式溶剂之类的话，建议使用 Amber（而非较为古老的 gromacs 版本）。————————————————版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755

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  • gromacs-mdp-Computational Electrophysiology

    使用这些选项在“ Computational Electrophysiology ”模拟设置中控制离子/水位置交换。通常，不需要在每个时间步进行检查，对于典型的 Computational Electrophysiology 设置，大约100就足够了，所性能影响几乎可忽略。density-guided-simulation-active : 启用密度导向模拟。density-guided-simulation-atom-spreading-weight : 确定在网格上扩散原子时高斯核的乘法因子。density-guided-simulation-gaussian-transform-spreading-range-in-multiples-of-width : 在上述高斯RMS宽值的倍数之后，停止 gaussian。

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  • gromacs-mdp-Mixed quantum/classical dynamics

    对于 2021.2 版本：QMMM-grps:拟在QM级别描述的组，用于 MiMiC QM/MM。对于 MiMiC ，请在此处使用“no”。

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  • gromacs-mdp-Electric fields

    electric-field-x:electric-field-y:electric-field-z:在这里，您可以指定一个电场，该电场可以是交替的和脉冲的。例如，方向 x 的四个参数设置在 electric-field-x等选项中，书写个数如：electric-field-x = E0 omega t0 sigma；单位分别为V nm -1、ps -1、ps、ps。在 sigma=0 的特殊情况下，省略指数项，仅使用余弦项。如果 ω=0，则施加静电场。阅读手册关于电场的部分和 相关参考文献中的更多内容。

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  • gromacs-mdp-Non-equilibrium MD

    accelerate [nm ps-2]: acc-grps 在 x、 y 和 z 方向的加速度。freezegrps: 将被冻结的组。freezedim 指定冻结适用于哪些方向。cos-acceleration [nm ps-2]: 用于计算粘度的加速度分布的振幅。加速度在X方向，大小为 cos-acceleration*cos。在每一步中，变形为非零的 box elements 计算为：box+*deform，对非 elements 进行周期性校正，坐标随变换而变换，冻结的自由度也被转换。

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  • gromacs-mdp-Expanded ensemble simulation

    lmc-mc-move:no: 不在状态空间中执行蒙特卡罗。metropolis-transition: 随机向上或向下选择一个新状态，然后使用 Metropolis 准则来决定接受还是拒绝：Min{1,exp(-(beta_new u_new - beta_old u_old)}。mc-temperature: 用于 Monte Carlo 移动接受/拒收的温度。lmc-gibbsdelta 的正值意味着在上下交换中只考虑 ±lmc-gibbsdelta 的状态。其长度必须与 lambda vector 长度匹配。wl-delta: 当 Wang-Landau incrementor 下降到该值以下时，停止扩展系综权重更新。

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  • gromacs-mdp-Free energy calculations

    free-energy:no: 仅使用拓扑A。当 sc-alpha 大于零时，soft-core potentials 用于 LJ 和库仑相互作用。有关如何执行扩展系综模拟的控制，请参见扩展系综选项。在其他情况下，应指定 init-lambda-state。只有范德华相互作用由 lambda vector 的该分量控制。将其设置为0将启用标准的 hard-core van der Waals 相互作用。仅与 sc-function=gapsys 一起使用。

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  • gromacs-mdp-NMR refinement

    ensemble: 在一个模拟 box 中对系综内分子应用距离约束。通常可以使用 mdrun -multidir 在多个模拟中执行系综平均。disre-weighting:equal: 将约束力平均分配给约束中的所有原子对。当 disre-tau 为零时，力是保守的。disre-mixed:no: 约束力计算中使用的 violation 是 time-averaged violation 和 instantaneous violation。orire-fitgrp: 用于方向约束的拟合组。对于蛋白质来说，backbone 是一个合理的选择。

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  • gromacs-mdp-Enforced rotation

    rotation:no: 不应用强制旋转。yes: 将 rot-type0 指定的旋转势应用于 rot-group0 选项下给定的原子组。rot-type0 : 应用于旋转组0的旋转电势类型。可以是以下类型：iso、iso-pf、pm、pm-pf、rm、rm-pf、rm2、rm2-pf、flex、flex-t、flex2 或 flex2-t。rot-massw0 : 使用质量加权旋转分组位置。rot-fit-method0 : 确定旋转组的实际角度时的拟合方法。

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