Gromacs_软件学习_分子模拟小破屋

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Avogadro

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基础命令

mdp

gromacs-mdp-VdW

vdwtype:Cut-off: 具有成对列表半径 rlist 和 VdW 截止 rvdw 的平面截止，其中 rlist=rvdw。网格尺寸以与静电相同的方式用 fourierspacing 控制，插值顺序用 pme-order 控制。Shift: 2022.2中已被弃用，并被使用 vdw modifier=Force-switch 的 vdwtype=Cut-off 替代。LJ电势在全范围内被降低，并且力在 rvdw-switch 与 rvdw 之间平滑衰减至零。LJ电势正常输出至 rvdw-switch，之后在 rvdw 处切换至零。Potential-shift-Verlet:仅对能量应用长程色散校正。

2023-03-14 0 0 0 0
gromacs-mdp-Electrostatics

实空间截止 rcoulomb 应等于 rlist。在 reciprocal space 中使用的波矢量的最高幅度由 fourierspacing 控制。direct/reciprocal space 的相对精度由 ewald rtol 控制。Direct space 类似于Ewald sum，而 reciprocal space 使用 FFT 执行。库仑截止为 rcoulomb 的广义反应场，其中 rcoulumb≥rlist。Reaction-Field-zero 通过使电势零点超过截止值来解决这个问题。切换库仑电势可能会导致严重的伪影，建议使用 Reaction-Field-zero。coulomb-modifier:Potential-shift: 将库仑电势增减一个常数，使其在截止点处为零。

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gromacs-mdp-Neighbor searching

当设置 dynamics 和 verlet-buffer-tolerance 时，nstlist 实际上是一个最小值，gmx mdrun 可能自动增加，除非将其设置为1。这仅适用于截止值小于 rlist 的 switched, shifted or user potentials。若要模拟无截止，请将所有 cut-offs 相关选项和 nstlist 设置为 0。periodic-molecules:no: 分子是有限的，可以使用 fast molecular PBC。应当就是指 cutoff-scheme=Verlet 的情况，这一点在 5.0.4 中指出）。请注意，PP-PME 负载平衡可能会自动启用双程力评估。

2023-03-14 0 0 0 0
gromacs-mdp-Output control

nstvout [steps]: 将速度写入输出轨迹文件的间隔步数，其余同上。该值应为 nstcalcenergy 的倍数。请注意，每一步 MD step 的精确和以及波动模 nstcalcenergy 的值都存储在能量文件中，因此当 nstenergy1 时，gmx energy 也可以报告精确的能量平均值和波动。compressed-x-precision [real]: 写入压缩轨迹文件的精度。compressed-x-grps 写入压缩轨迹文件的索引组，默认情况下写入整个系统。

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gromacs-mdp-Test particle insertion

rtpi [nm]:测试粒子插入半径，请参见 integrator=tpi 及 integrator=tpic。

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gromacs-mdp-Shell molecular dynamics

emtol [kJ mol-1 nm-1]: 当最大力小于 emtol 时，最小化收敛。fcstep [ps2]: 用于优化柔性约束的步长。设置时应当使 fcstep=mu/，其中mu是柔性约束中两个粒子的缩减质量，d2V/dq2 是约束方向上电势的二阶导数。幸运的是这一数字在不同柔性约束之间不会发生太大变动，尽管迭代次数和运行时长对 fcstep 非常敏感。

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gromacs-mdp-Energy minimization

emtol [kJ mol-1 nm-1]: 当最大力小于该值时，表明最小化收敛。nstcgsteep [steps]: 使用共轭梯度能量最小化时执行1个最陡下降步骤的频率。nbfgscorr : 用于 l-bfgs 最小化的校正步骤数。更高的数字更准确，但速度较慢。

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gromacs-mdp-Langevin dynamics

bd-temp [K]: bd-fric [amu ps-1]: 布朗动力学的摩擦系数。ld-seed (-1) [integer]: 用于初始化随机和布朗动力学热噪声的随机生成器。当 ld-seed 设置为 -1 时，使用伪随机种子。在多个处理器上运行 bd 或 sd 时，每个处理器使用一个等于 ld-seed 加上处理器编号的种子。

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gromacs-mdp-Run control

插入能量的分布被写入 mdrun -tpid 选项指定的文件。gmx convert-tpr会自动执行此操作。yes: 按照 mts-level2-forces 的规定，每 mts-level2-factor 个积分步使用 multiple timing-stepping integrator 估算相应力。mts-level2-forces : 仅在每个 mts-level2-factor 步骤中评估的一个或多个力组列表。使用 dihedral 时，将选择所有二面体，包括cmap。

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gromacs-mdp-Preprocessing

include: 接包含 .top 文件的文件夹路径，格式为：-I/home/john/mylib 或 -I../otherlib，该选项可有可无。-DPOSRES：用于位置限制，告诉 grompp 启用 .top 文件中定义并引入的 posre.itp。

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