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  • gromacs-mdp-AWH

    势的分辨率由每个伞形采样的力常数设置，见 awh1-dim1-force-constant。此选项与使用自由能 lambda 状态作为 AWH 反应坐标不兼容。awh-nsamples-update : 每次 AWH 更新所用的坐标采样数。以步长为单位的更新间隔是 awh-nstsample 乘以该值。这种局部收敛特性仅与 awh1-growth=linear 兼容，因为对于 awh1-growth=exp-linear，线性直方图在初始阶段被全局重新缩放。awh1-target-beta-scaling : 对于 awh1-target=boltzmann 和 awh1-target=local-boltzmann，它是取自 (0,1) 中值的无单位β比例因子。

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  • gromacs-mdp-COM

    pull-print-com:no: 所有组的 COM 均不输出。pull-group1-weights: 可选，相对质量。flat-bottom-high: 在低于 pull-coord1-init 的距离处施加简谐势，否则不施加。direction-relative: 与 pull-coord1-geometry=direction 相似，但牵引向量是指从第三个牵引组的 COM 指向第四个牵引组 COM 的向量。cylinder: 用于相对于参考 COM的层牵引。从 pull-coord1-groups 中的两组中的第一组中，围绕穿过第二组 COM 的轴选择一个圆柱体，方向为 pull-coord1-vec，半径为 pull-cylinder-r。

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  • gromacs-mdp-Walls

    墙通过可选的 wall-atomtype 与系统的其余部分交互。wall-atomtype: 每个墙在力场中的原子类型名称。wall-density [nm-3] / [nm-2]: 对于 wall-type = 9-3和10-4，每个壁的原子数密度。wall-ewald-zfac : 第三个盒向量的比例因子仅适用于 Ewald 求和，最小值为2。Ewald 求和只能在 nwall=2 的情况下使用，其中应使用 Ewald-geometry=3dc。

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  • gromacs-mdp-Energy group exclusions

    energygrp-excl: 排除所有非键相互作用的能量基团对。这对于使用 mdrun-rerun 加速能量计算以及排除冻结组内的相互作用特别有用。

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  • gromacs-mdp-bonds

    constraints: 控制拓扑中的哪些键将转换为刚性完整约束。h-bonds: 将与H原子的键合转换为约束。all-bonds: 将所有键转换为约束。精度由 lincs-order 设置，该值设置了矩阵逆展开中的矩阵数。continuation: 此选项以前称为 unconstrained-start。通过区域分解，单元大小受到 lincs-order+1 个约束的跨越距离限制。如果想要扩展到这个极限之外，可以降低 lincs-order 并增加 lincs-iter，因为当 *lincs-order 保持不变时，精度不会下降。

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  • gromacs-mdp-Simulated annealing

    annealing: 每个温度组的退火类型。其数量应等于 annealing-npoints 中给定的数量之和。; SIMULATED ANNEALING 2021.2; Type of annealing for each temperature group annealing =; Number of time points to use for specifying annealing in each groupannealing-npoints =; List of times at the annealing points for each groupannealing-time =; Temp. at each annealing point, for each group.annealing-temp =123456789velocity generation （已完成）gen-vel:no: 不生成速度。

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  • gromacs-mdp-Pressure coupling

    每个 nstpcouple 步骤都会缩放 box。对于 Nose-Hoover 温度耦合，时间常数 tau-p 是平衡时压力波动的周期。tau-p 仅允许一个值。compressibility 和 ref-p 各需要一个值。对于 velocity Verlet 积分器，nstpcouple 设置为1。所需值的数量由 pcoupltype 指明。refcoord-scaling:no: 不修改位置约束的参考坐标。请注意，使用此选项，virial 和压力可能定义不清，请参阅[此处]了解更多详细信息。

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  • gromacs-mdp-Temperature coupling

    tau-t 是每个分子随机化之间的平均时间。目前仅使用 velocity Verlet 实现。对于 velocity Verlet 积分器，nsttcouple 设置为 1。nh-chain-length : 对于 velocity Verlet 积分器，integrator=md 仅支持 1。默认情况下，NH链变量的数据不会输入到 edr 文件，但可以使用 print-nose-hoover-chain-variables 选项打开。print-nose-hoover-chain-variables:no: 不在能量文件中存储Nose-Hoover链变量。

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  • gromacs-mdp-Ewald

    fourier-nx/fourier-ny/fourier-nz: 使用 Ewald 时 reciprocal space 中波矢量的最大幅值，或使用 PME 或 P3M 时的网格大小。请注意，通过 gmx mdrun 中的 PME tuning，这些网格大小可以随着 rcoulomb 的扩展而减小。ewald-rtol : ewald-rtol 给出了 rcoulomb 处 Ewald-shifted direct potential 的相对强度。ewald-geometry:3d: 在所有三个维度中执行Ewald求和。epsilon-surface : 这控制了对三维 Ewald 求和的偶极子校正。

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  • gromacs-mdp-Tables

    table-extension [nm]: 将非键合势能查找表扩展到最大截止距离之外。当 user table 用于 静电 和/或 VdW 时，这里可以给出应使用单独用户表的成对能量组。这两个能量组将按照它们在 energygrps 中的定义顺序附加到表文件名，并用下划线分隔。例如，如果 energygrps = Na Cl Sol，energygrp-table = Na Na Na Cl，gmx mdrun 将读取table_Na_Na.xvg 和 table_Na_Cl.xvg 以及将用于所有其他能量组对的 table.xvg。

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