Gromacs_软件学习_分子模拟小破屋

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Gaussian 讲解15-PDB文件参数

有一些附加项可以与核参数和/或片段一起定义。这些项与PDB文件一起使用，用于保留其中包含的残基以及其它结构信息，这样用户无需再作定义。但是，你可能会在GaussView 用源自PDB文件的结构创建的Gaussian 09输入文件中看到它们。PDBName如果不是元素名的话，指定赋值给原子的名称。

2023-03-04 0 0 0 0
Gaussian 讲解14-分子力学原子类型

分子力学计算中的分子说明也可以包含原子类型和部分电荷的信息。也可以指定核参数，如下面的例子：

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Gaussian 讲解13-指定分子片段

本例中相应的输入行格式为：总电荷，总自旋，片段1的电荷，片段1的自旋，片段2的电荷，片段2的自旋负的自旋多重度对于Guess=Fragment计算有特殊的含义，表示未成对的片段轨道在指定的组合片段中为β自旋轨道。对于Guess=Fragment和Counterpoise计算，片段个数必须从1开始并连续递增。

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Gaussian 讲解12-指定同位素以及其它核参数

同位素和其它核参数可以在原子类型区域内指定，需要使用加上括号的关键词和数值，例如下面的例子： C 0.0 0.0 0.0 这一行指定一个13C原子，核自旋为3/2 ，位于原点。如果用整数指定原子质量，程序会动使用相应的真实同位素质量。Spin=n：核自旋，单位是1/2。

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Gaussian 讲解11-分子说明概述

有几种定义核构型的方法：可以是Z- 矩阵，可以是笛卡尔直角坐标，或者是二者混合。因此，对于中性分子的单重态，应当输入0 1。如果使用了Geom=CheckPoint，那么电荷和自旋行是唯一需要的分子说明输入。分子说明余下的部分给出分子中每个原子的元素类型以及核位置。在第一种输入方式中，每行其余的项是定义核位置的笛卡尔直角坐标。

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Gaussian 讲解10-密度拟合基组

Gaussian 09对纯DFT计算提供密度拟合近似[Dunlap83, Dunlap00]。Gaussian 09能从AO基自动产生合适的拟合基，用户也可以选择一套内置的拟合基组。在Gaussian 09中可以使用以下的拟合基组关键词： u DGA1和DGA2 [Godbout92, Sosa92]。u QZVP [Weigend03, Weigend05]，对应于QZVP基组。u Ahlrichs及其合作者的W06拟合集[Weigend05, Weigend06]。u NoFit：关闭用于该计算的拟合集。该关键词用于将Default.Route文件覆盖DensityFit 关键词。

2023-03-03 0 0 0 0
Gaussian 讲解09-纯基函数与笛卡尔基函数产生的问题

关于纯基函数与笛卡尔基函数，Gaussian 用户应当知道以下几点： u 所有的内置基组使用纯 f 函数。u 在一个 Gaussian 计算中，所有的 d 函数必须都是 5D 或 6D，所有的 f 以及更高的函数必须都是纯函数或笛卡尔函数。类似地，如果对在执行路径部分定义 6-31G基组的任务，用 ExtraBasis 为过渡金属添加来自 6-311G基组的基函数，将使用笛卡尔 d 函数。

2023-03-03 0 0 0 0
Gaussian 讲解08-有关基组的其它关键词

下面这些有用的关键词与基组关键词一起使用： u 5D 和 6D：分别使用 5 或 6 个 d 函数。u 7F 和 10F：分别使用 7 或 10 个 f 函数。它们也用于更高的函数。使用ExtraBasis和Gen关键词，可以为程序输入其它的基组。ChkBasis关键词表示基组从检查点文件读取。详见本章后面关于这些关键词的单独说明。

2023-03-03 0 0 0 0
Gaussian 讲解07-添加极化和弥散函数

对重原子添加 3 套 d 函数和一套 f 函数，对氢原子添加两套 p 函数。例如，AUG-cc-pVTZ 基组为氢原子添加一个 s，一个 p 和一个 d 弥散函数，为 B-Ne 和 Al-Ar 的原子添加一个 s，一个 p，一个 d 和一个 f 弥散函数。下面的表列出了 Gaussian 09 中每种内置基组的极化和弥散函数，以及应用范围：

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Gaussian 讲解06-基组

u CEP-31G：Stephens/Basch/Krauss 的 ECP 分裂价基组[Stevens84, Stevens92, Cundari93]。

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