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  • gromacs教程-24-常见建模软件-charmm-gui

    、

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-23-常见建模软件-Avogadro软件

    两个版本都可以，个人喜欢第一个版本，因为可以生成其他软件提交命令的文件，对于我们用gromacs来说都是用不了的，所以不用纠结，我们只是用来画单个分子，如果分子数目大了，这个会有问题，AVOGADRO相当于MS最大的优势就是保存pdb，用vmd和gromacs可以很好识别，MS导出的PDB有时候无法识别，所以MS保存mol2，然后由AVOGADRO导出pdb格式

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-22-常见建模软件-gmx genconf

    gmx genconf [-f [.gro/.g96/...]] [-o [.gro/.g96/...]] [-trj [.xtc/.trr/...]] [-nice ] [-nbox ] [-dist ] [-seed ] [-[no]rot] [-[no]shuffle] [-[no

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-21-常见建模软件-gmx genion

    在能量有利位置插入离子gmx genion [-s [.tpr/.tpb/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-p [.top]] [-nice ] [-np ] [-pname ] [-pq ] [-nn ] [-nname ] [-nq ]

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-20-常见建模软件-solvate

    体系溶剂化gmx solvate [-cp [.gro/.g96/..]] [-cs [.gro/.g96/…

    2023-08-20 0 0 0 0

  • gromacs教程-19-常见建模软件-gmx insert-molecules

    将分子插入已有空位gmx insert-molecules [-f [.gro/.g96/...]] [-ci [.gro/.g96/...]] [-ip [.dat]] [-o [.gro/.g96/...]] [-nice ] [-box ] [-nmol ] [-try ]

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-18-常见建模软件-gmx editconf

    gmx editconf [-f [.gro/.g96/...]] [-n [.ndx]] [-o [.gro/.g96/...]] [-mead [.pqr]] [-bf [.dat]] [-nice ] [-[no]w] [-[no]ndef] [-bt ] [-box ] [-an

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-17-windows版安装

    建议初学者自己去下载2018.8 CPU版，AVX指令集（15 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2018.8_AVX_win64.rar2019.6 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2019.6_AVX_CUDA_win64.rar2020.3 CUDA GPU加速版，AVX指令集（93 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.3_AVX_CUDA_win64.rar2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB）：http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64.rar（nVidia显卡驱动需=471.11版）GROMACS2023_For_Windows版本：https://github.com/Hsuchein/Gromac

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-16-超算运行版

    如果打算用超算的跑，你就不要去想安装了一切的处理方法，去找管理员这个大怨种去帮你处理你只需要考虑计算使用CPU还是GPU跑怎么选择？有钱去开GPU跑（X.00元/卡时），没钱CPU跑（0.0x元/核时）GPU比cpu快几十倍，所以这个性价比来说GPU还是划算的但是你不知道你跑GPU是否跑一半有问题所以开了GPU，最好在你的电脑上先跑不然你的钱如流水，眼睛一睁一闭发现问题钱冇得的了噢如果真有钱，建议自己课题组去买服务器如果需要买机时，我可以给你们进行推荐

    2023-08-11 0 0 0 0

  • gromacs教程-15-wsl2.0安装

    若要启用 WSL，请在 PowerShell 提示符下以具有管理员权限的身份运行此命令：Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux。完成此操作后，wsl --set-version 命令应正常工作。

    2023-08-11 0 0 0 0
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