Gromacs
  • gromacs教程-14-GPU加速版

    总的来说,GROMACS的构建将在运行“cmake”的机器上保持正确和合理的速度。

    2023-08-11 0 0 0 0
  • gromacs教程-13-CPU版-虚拟机安装

    三、命令行分别输入:1 cat /etc/fstab EOF 2 .host:/ /mnt/hgfs fuse.vmhgfs-fuse allow_other,defaults 0 0 3 EOF4 exit 四、重启虚拟机后即可看到 mnt/hgfs 路径下的共享文件夹。

    2023-08-11 0 0 0 0
  • gromacs教程-12-文件类型

    gromacs基本文件-参数文件MDP文件GROMACS的模拟参数文件。gromacs基本文件-运行输入文件TPR文件最终一步分子动力学模拟的输入文件Run input file ,二进制。gromacs基本文件-数据库文件aminoacids.dat:该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。gromacs基本文件-其他文件EDR文件模拟输出的系统能量文件。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-11-gromacs分析

    非平衡分子动力学模拟非平衡分子动力学模拟是一种模拟方法,用于研究系统在非平衡态下的动力学行为。虽然利用线性响应理论或时间相关函数,可以根据平衡分子动力学模拟结果计算热导率、扩散系数和黏度系数等多种迁移系数,但这样的计算误差较大、精确度不高。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-10-了解采样

    怎么理解速度方程?时长为啥只有ns级别:因为你模拟的系综都是微观态,而这种微观态的反应是通过时间来平均得到的,平均下来就是一点点了。帧数少,则统计分析会出现失真,帧数多则会影响计算速度,同时太占存储空间就像动画是一样的,每次一帧,连在一起就可以看出动画效果,我们也可以看出分子运动的轨迹效果

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-9-边界条件

    为了将分子动力学原胞有限立方体内的模拟,扩展到真实大系统的模拟,通常采用周期性边界条件。采用周期性边界条件,就可以消除引入原胞后的表面效应,构造出一个准无穷大的体积来更精确地代表宏观系统。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-8-环境设定

    全称为统计系综。VTμ系综是一种描述开放系统的系综,它描述的是一个恒定化学势、恒定体积、恒定温度的系统。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-7-原子电荷

    什么是原子电荷?卢天, 陈飞武. 原子电荷计算方法的对比[J]. 物理化学学报, 2012, 28:1-18. doi: 10.3866/PKU.WHXB2012281RESP,全称Restrained ElectroStatic Potential,是由Kollman等人在1993年提出的计算原子电荷的方法。在Amber分子动力学模拟中,RESP是有机小分子计算电荷的标配方法。它需要配合使用量化计算软件获得静电势,然后进行限制性拟合计算得到。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-6-水模型力场

    水分子力场种类划分与其它任何分子相比,水分子具有无与伦比的重要性。三力点水分子模型的分子间相互作用力,由静电相互作用和van der Waals相互作用两个部分组成。van der Waals相互作用利用球形对称的Lennard-Jones势函数近似,作用中心位于氧原子上。在分子力场中计入极化效应的分子力场,被称为可极化分子力场。

    2023-08-09 0 0 0 0
  • gromacs教程-5-了解什么是力场

    在MaterialStudio中御用,参数是加密不公开的,虽然lammps也能用,但是参数不全。UFF=Universal Force Field:涵盖整个周期表的普适型力场。大分子力场CHARMM=Chemistry at HARvard Macromolecular Mechanics,函数形式简单,包含以下版本:CHARMM19:联合原子力场,也适用于蛋白质。名字编号是最初使用这种力场的CHARMM版本得名的。这是目前最好的amber力场。

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