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gromacs教程-9-边界条件
什么是边界条件？ 自由表面边界：这种边界条件常用于大型的自由分子的模拟。 固定边界：在所有要计算到粒子晶胞之外还要包上几层结构相同的位置不变的粒子，包层的厚度必须大于粒子间相互作用的力程范围。包层部分代表了与运动粒子起作用的宏观晶体的那一部分。 柔性边界 ：这种边界比固定边界更接近实际。它允许边界上的粒子有微小的移动以反映内层粒子的作用力施加到它们身上时的情况。 周期性边界：在模拟较大的系统时，为了消除表面效应或边界效应，常采用周期性边界条件。就是让原胞上下、左右、前后对边上的粒子间有相互作用。为了将分子动力学原胞有限立方体内的模拟，扩展到真实大系统的模拟，通常采用周期性边界条件。 采用周期性边界条件，就可以消除引入原胞后的表面效应，构造出一个准无穷大的体积来更精确地代表宏观系统。 周期边界条件：我们模拟的体系太大就需要大量的计算，在针对于某些问题的时候，我们模拟分析的体系可以少些，但是需要加入周期性边界条件，是因为有边界效应，所谓边界效应就是本该最左边的分子与最右边的是有相互作用的，结构没有设置周期性边界，导致没了。如何理解就是我们无限放大实验的烧杯，烧杯壁上的分子只能有一边有相互作用。 上述为整个边界条件，但是gromacs中部分不一定能用，我暂时没有接触到吧，建议都用pbc的，如果需要设置pbc=xy非周期性，这个时候是需要设置参数wall来处理进行加墙体的。
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