Avogadro
  • AVOGADRO讲解06-创建分子

    您可以输入“O”,或者从下拉菜单中选择“Oxygen ”,然后单击黑色显示。

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  • AVOGADRO讲解05-选择模式

    通常,选择工具允许对原子、键或片段进行单独的选择。有三种选择模式: “Atom/Bond”, “Residue”, 和“Molecule”.“Atom/Bond”选择模式为您提供了在分子中选择单个原子的能力。右击黑色显示将清除所做的选择。“Residue”选择模式选择一个分子内的整个残基。单击和拖动光标是选择分子或分子碎片的另一种方式。

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  • AVOGADRO讲解04-创建二氧化碳

    开始绘制“O-C-O”结构。结构画好后,你所要做的就是点击左键。左键点击将创建一个双键(如图所示)。一旦你创建了你的分子,你可以通过extensions menu优化它的几何形状。选择“Extensions”菜单,并点击“Optimize Geometry”将为您的分子提供适当的键长和角度。现在你已经掌握了在Avogadro画分子的基本知识!

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  • AVOGADRO讲解03-绘制分子

    Drawing Molecules 使用绘画工具构建和编辑分子。左键点击黑色显示将允许你开始你的旅程进入分子创造。右击将删除原子。可以通过“Element”下拉菜单选择不同的元素。您可以输入“O”,或者从下拉菜单中选择“Oxygen ”,然后单击黑色显示。如果勾选“Adjust Hydrogens”框,分子中的氢原子将自动调整以满足原子价。

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  • AVOGADRO讲解02-基础介绍

    Introduction (简介)Avogadro 是一个分子编辑器,设计用来方便地构建和查看3D分子和材料。这本手册主要是在Mac上编写的,但是在任何计算机上的界面都应该非常相似。当你最初打开Avogadro时,你会看到如下所示的屏幕。为此,单击“File”菜单并选择 Open....然后,您可以查看磁盘上的文件并找到合适的化学文件。Avogadro提供了几个分子例子。

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  • AVOGADRO讲解01-序言

    Avogadro: 分子编辑与可视化Avogadro是一个免费、开源的分子编辑器和可视化工具,设计用于计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学和相关领域的Mac、Windows和Linux。为《阿伏伽德罗手册》提供资金的是University of Pittsburgh Department of Chemistry.泰勒康奈尔和杰弗里哈奇森,2015年夏季匹兹堡,宾夕法尼亚州。

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