gmxvanhove[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxtune_pme[-p[.out]][-err[.log]][-so[.tpr/.tpb/...]]. [-s[.tpr/.tpb/...]][-o[.trr/.cpt/...]][-x[.xtc/.tng]]. [-tableb[.xvg]][-rerun[.xtc/.trr/...]][-tpi[.xvg]]. [-[no]launch][-[no]bench][-[no]check][-[no]append]
gmxtrjorder[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
[-[no]settime][-[no]sort][-[no]keeplast][-[no]overwrite]
[-scale]gmx traj用于输出坐标, 速度, 力和/或盒子. 使用-com选项可计算各个组质心的坐标, 速度和力. 当指定-mol选项时, 索引文件中的数目被视为分子个数, 并对每一分子使用与-com选项相同的过程.选项-ot输出每个组的温度, 如果轨迹文件中含有速度信息. 计算时没有对约束自由度进行修正!
gmxtcaf[-f[.trr/.cpt/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxspol[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxspatial[-s[.tpr/.tpb/...]][-f[.xtc/.trr/...]][-n[.ndx]]
gmxsorient[-f[.xtc/.trr/...]][-s[.tpr/.tpb/...]][-n[.ndx]]
gmxsolvate[-cp[.gro/.g96/..]][-cs[.gro/.g96/…[-o[.gro/.g96/…]][-p[.top]][-nice]
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