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gromacs-mdp-NMR refinement该部分主要用于帮助 NMR 数据完善蛋白质结构，更多讨论可见此处（似乎一般用不太到）。 disre: no: 忽略拓扑文件中的距离约束信息。 yes: 对每个分子应用简单的距离限制。 ensemble: 在一个模拟 box 中对系综内分子应用距离约束。通常可以使用 mdrun -multidir 在多个模拟中执行系综平均。环境变量 GMX_DISRE_ENSEMBLE_SIZE 设置每个系综中的系统数（通常等于提供给 mdrun -multidir 的目录数）。 disre-weighting: equal: 将约束力平均分配给约束中的所有原子对。 conservative: 力是约束势的导数，这导致原子对的权重为位移的倒数七次方。当 disre-tau 为零时，力是保守的。 disre-mixed: no: 约束力计算中使用的 violation 是 time-averaged violation 和 instantaneous violation。 yes: 计算约束力时使用的 violation 是 time-averaged violation 和 instantaneous violation 乘积的平方根 disre-fc (1000) [kJ mol-1 nm-2]: 距离约束的力常数，乘以拓扑文件中交互作用的 fac 列中给出的每个约束的不同（可能是）因子。 disre-tau (0) [ps]: 控制距离约束运行间隔的平均值的时间常数，值为零将关闭时间平均。 nstdisreout (100) [steps]: 将约束中涉及的所有原子对的运行时间平均距离和瞬时距离写入能量文件时的步数间隔（可能使能量文件非常大）。 orire: no: 忽略拓扑文件中的方向约束信息。 yes:使用方向约束，可以使用 mdrun -multidir 执行系综平均。 orire-fc (0) [kJ mol-1]: 方向约束的力常数乘以每个约束的（可能）不同权重因子，可以设置为零，以从无约束模拟中获得方向。 orire-tau (0) [ps]: 控制方向约束运行间隔的平均值的时间常数，值为零将关闭时间平均。 orire-fitgrp: 用于方向约束的拟合组。这组原子用于确定系统相对于参考方向的旋转半径，参考方向是第一个子系统的起始构造。对于蛋白质来说，backbone 是一个合理的选择。 nstorireout (100) [steps]: 将约束中所有运行时间平均的方向和瞬时方向以及分子序张量写入能量文件时的步数间隔（可能使能量文件非常大）。 ; NMR refinement stuff 2021.2 ; Distance restraints type: No, Simple or Ensemble disre = No ; Force weighting of pairs in one distance restraint: Conservative or Equal disre-weighting = Conservative ; Use sqrt of the time averaged times the instantaneous violation disre-mixed = no disre-fc = 1000 disre-tau = 0 ; Output frequency for pair distances to energy file nstdisreout = 100 ; Orientation restraints: No or Yes orire = no ; Orientation restraints force constant and tau for time averaging orire-fc = 0 orire-tau = 0 orire-fitgrp = ; Output frequency for trace(SD) and S to energy file nstorireout = 100 ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755 |
