|
gromacs-mdp-Free energy calculationsfree-energy: no: 仅使用拓扑A。 yes:在拓扑A（λ=0）到拓扑B（λ=1）之间插值，并将哈密顿量相对于λ的导数（如 dhdl-derivatives 所规定）或相对于其他λ值（如外来λ所规定）的哈密顿差写入能量文件和/或 dhdl.xvg 中，它们可以通过例如 gmx bar 进行处理。电势、键长和角度按手册中所述进行线性插值。当 sc-alpha 大于零时，soft-core potentials 用于 LJ 和库仑相互作用。 expanded: 启用扩展系综模拟，此时 alchemical state 成为动态变量，允许在不同的哈密顿量之间跳跃。有关如何执行扩展系综模拟的控制，请参见扩展系综（ expanded ensemble simulation，下一条目）选项。扩展系综模拟中使用的不同哈密顿量由其他自由能选项定义。 init-lambda (-1): λ（浮点）的起始值。通常，这只应用于缓慢增长（即非零增量λ）。在其他情况下，应指定 init-lambda-state。如果给定了 lambda vector，则使用 init-lambda 进行插值，而不是直接设置 lambda。必须大于或等于0。 delta-lambda (0): lambda每时间步的增量。 init-lambda-state (-1): lambda state 的起始值（整数）。指定 lambda vector 的哪一列（coul-lambda、vdw-lambdas、bonded-lambda，restriction-lambda、mass-lambda、temperature-lambdas 和 fep-lambda）会被使用。这是一个基于零的索引：init lambda state 0 表示第一列，依此类推。 fep-lambdas [array]: 0、1 或多个 λ 值，每 nstdhdl 步将确定其 Delta H 值并写入 dhdl.xvg， lambda vector 的一部分。该值必须大于或等于0，允许大于1，但应小心使用（这两句话对所有 -lambdas 选项适用）。然后，可以使用 gmx bar 确定不同 lambda 值之间的自由能差。fep-lambdas 与其他 -lambdas 选项不同，因为所有未明确指定的 lambda vector 的组件都将使用 fep-lampdas（包括 restraint-lambdas，因此也包括牵引代码约束）。 coul-lambdas [array]: 同上。如果使用 soft-core potentials，该值必须介于 0-1 之间。只有静电相互作用由 lambda vector 的该分量控制（并且只有当 lambda=0 和 lambda=1 状态具有不同的静电相互作用时）。 vdw-lambdas [array]: 同上。如果使用 soft-core potentials，该值必须介于 0-1 之间。只有范德华相互作用由 lambda vector 的该分量控制。 bonded-lambda [array]: 同上。只有键相互作用由 lambda vector 的该分量控制。 restriction-lambda [array]: 同上。只有约束相互作用、二面体约束和牵引约束由 lambda vector 的该分量控制。 mass-lambda [array]: 同上。只有粒子质量由 lambda vector 的该分量控制。 temperature-lambdas [array]: 同上。只有温度由 lambda vector 的该分量控制。请注意，这些 lambda 不应用于副本交换，仅用于模拟回火。 calc-lambda-neighbors (1): 如果已设置 init-lambda-state，则控制计算和写出 Delta H 的 lambda 值的数量。正值将限制计算所得 lambda 点的数量，仅限于 init-lambda-state 的第 n 个 neighbors：例如，如果 init-lambda-state 为 5，且该参数的值为 2，则将计算并写出 lambda 3-7 点的能量。值-1表示写出所有 lambda 点。对于正常 BAR，如gmx bar，1就足够了，而对于 MBAR，应使用 -1。 sc-function (beutler): beutler: Beutler et al. soft-core function gapsys:Gapsys et al. soft-core function sc-alpha (0): sc-function=beutler 时 soft-core 的 alpha 参数，值为0使LJ和库仑相互作用线性插值。仅与 sc-function=beutler 一起使用（下简述为同上）。 sc-r-power (6): soft-core equation 中径向项的6次幂，仅与 sc-function=beutler 一起使用。 sc-coul (no): 是否将软核自由能相互作用变换应用于分子的 Coulomic 相互作用。默认值为否，因为通常在关闭范德华相互作用之前线性关闭库仑相互作用更有效。请注意，只有在使用 lambda states 时才考虑到它，而不是使用 couple-lambda0 / couple-lambda1 时，并且您仍然可以通过将 sc-alpha 设置为0来关闭软核交互。同上。 sc-power (0): 软核函数中 lambda 的幂，仅支持值1和2。同上。 sc-sigma (0.3) [nm]: C6 或 C12 参数等于零或 sigma 小于 sc-sigma 的粒子的软核 sigma。同上。 sc-gapsys-scale-linpoint-lj (0.85): 对于 sc-function=gapsys，它是无单位的 alphaLJ 参数。它通过缩放 vdw 力线性化点来控制范德华相互作用的柔软度（softness）。将其设置为0将启用标准的 hard-core van der Waals 相互作用。仅与 sc-function=gapsys 一起使用（下简称为同上）。 sc-gapsys-scale-linpoint-q (0.3) [nm/e^2]: alphaQ 参数，单位为 nm/e ^2，默认值 0.3。它控制库仑相互作用的柔软度。将其设置为 0 将导致标准的 hard-core Coulombic 相互作用。同上。 sc-gapsys-sigma-lj (0.3) [nm]: 具有等于零的C6或C12参数的粒子的软核 sigma。同上。 couple-moltype: 在此提供一种分子类型（如拓扑中定义的），用于计算溶剂化或耦合自由能。你可以选择一个特殊的系统，将系统中的所有分子类型耦合起来，这对于从（几乎）随机坐标开始平衡系统非常有用。使用该选项必须开启自由能。此分子类型中的范德华相互作用和/或电荷可以在 lambda=0 和 lambda=1 之间打开或关闭，具体取决于 couple-lambda0 和 couple-lambda1 的设置。如果要解耦分子的多个副本中的一个，需要复制并重命名拓扑中的分子定义。 couple-lambda0: vdw-q: 在 lambda=0 时，所有相互作用都打开。 vdw: 在 lambda=0 时，电荷为零（无库仑相互作用）。 q: 范德华相互作用在 lambda=0 时关闭；需要软核相互作用来避免异常。 none: 当 lambda=0 时，范德华相互作用被关闭，电荷为零；需要软核相互作用来避免异常。 couple-lambda1: 类似于couple-lambda0，但是对应于 lambda=1。 couple-intramol: no: 分子型为偶分子型的所有分子内非键相互作用都被排除（exclusions）和显式偶相互作用所取代。此时，分子的解耦状态对应于没有周期性效应的恰当真空状态。 yes:分子内范德华和库仑相互作用也被打开/关闭。这有助于分配相对较大分子的自由能，其中分子内非键相互作用可能导致动力学捕获的真空构象。1-4对相互作用未被关闭。 nstdhdl (100): 将 dH/dlambda 和可能的 Delta H 写入 dhdl.xvg 的频率，0 表示没有输出，应该是 nstcalcenergy 的倍数。 dhdl-derivatives (yes): 如果 yes，则写出每个 nstdhdl 步骤的哈密顿量相对于 lambda 的导数。使用 gmx bar 插值线性能量差时需要这些值（尽管使用正确的外部 lambda 设置也可以实现相同的效果，但后者可能不太灵活），或者使用热力学积分 dhdl-print-energy (no): 在dhdl文件中包括总能量或势能。选项为 no、potential 或 total。如果所研究的状态处于不同的温度下，则需要该信息用于以后的自由能分析。如果所有状态都处于相同的温度，则不需要此信息。在使用 mdrun -rerun 生成dhdl的情况下，potential 是有用的。当从现有轨道重新运行时，动能通常不正确，因此必须仅从势能计算剩余自由能，并通过解析计算动能分量。 separate-dhdl-file: yse: 计算出的自由能值（根据外部 lambda 和 dhdl-derivatives 设置）将写入一个单独的文件，默认名称为 dhdl.xvg。该文件可以直接与 gmx bar 一起使用。 no: 自由能值被写入能量输出文件（ener.edr，每 nstenergy），可以使用 gmx energy 提取或直接使用 gmx bar。 dh-hist-size (0): 如果非零，则指定直方图的大小，将 Delta H 值（用外部 lambda 指定）和导数 dH/dl 值合并到直方图中，并写入 ener.edr。这可用于在计算自由能差时节省磁盘空间。在每 nstenergy 中，为每个外部 lambda 编写一个直方图，为 dH/dl 编写两个直方图。请注意，不正确的直方图设置（尺寸太小或存储箱太宽）可能会引入错误。除非你确定自己需要直方图，否则不要使用直方图。 dh-hist-spacing (0.1): 以能量单位指定直方图的箱宽，与 dh-hist-size 一起使用。这种尺寸限制了自由能计算的精度。除非你确定自己需要直方图，否则不要使用直方图。 ; Free energy variables 2021.2 free-energy = no couple-moltype = couple-lambda0 = vdw-q couple-lambda1 = vdw-q couple-intramol = no init-lambda = -1 init-lambda-state = -1 delta-lambda = 0 nstdhdl = 50 fep-lambdas = mass-lambdas = coul-lambdas = vdw-lambdas = bonded-lambdas = restraint-lambdas = temperature-lambdas = calc-lambda-neighbors = 1 init-lambda-weights = dhdl-print-energy = no sc-alpha = 0 sc-power = 1 sc-r-power = 6 sc-sigma = 0.3 sc-coul = no separate-dhdl-file = yes dhdl-derivatives = yes dh_hist_size = 0 dh_hist_spacing = 0.1 ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755 |
