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gromacs-mdp-Enforced rotation这些 mdp 参数可用于强制一组原子的旋转，例如蛋白质亚基。参考手册详细描述了可用于实现这种旋转的13种不同势。 rotation: no: 不应用强制旋转。所有强制旋转选项都将被忽略（如果存在于 mdp 文件中，则会生成警告）。 yes: 将 rot-type0 指定的旋转势应用于 rot-group0 选项下给定的原子组。 rot-ngroups (1): 旋转组的数量。 rot-group0: 索引文件中旋转组0的名称。 rot-type0 (iso): 应用于旋转组0的旋转电势类型。可以是以下类型：iso、iso-pf、pm、pm-pf、rm、rm-pf、rm2、rm2-pf、flex、flex-t、flex2 或 flex2-t。 rot-massw0 (no): 使用质量加权旋转分组位置。 rot-vec0 (1.0 0.0 0.0): 旋转向量，将被归一化。 rot-pivot0 (0.0 0.0 0.0) [nm]: iso、pm、rm 和 rm2的支点。 rot-rate0 (0) [degree ps-1]: 组0的参考旋转速率。 rot-k0 (0) [kJ mol-1 nm-2]: 组0的力常数。 rot-slab-dist0 (1.5) [nm]: slab距离，在选择柔性轴旋转类型时有效。 rot-min-gauss0 (0.001): 待评估力（柔性轴类型）的高斯函数最小值（截止值）。 rot-eps0 (0.0001) [nm2]: rm2* 和 flex2* 电势的加性常数 ε 值。 rot-fit-method0 (rmsd): 确定旋转组的实际角度时的拟合方法（可以是rmsd、norm 或 potential）。 rot-potfit-nsteps0 (21): 对于拟合类型，指在评估旋转势的参考角周围角位置的数量。 rot-potfit-step0 (0.25): 对于拟合类型，两个角位置之间的距离，单位为度。 rot-nstrout (100): 旋转组的角度以及扭矩和旋转势能的输出频率（以步为单位）。 rot-nstsout (1000): 柔性轴类型的每块 slab 数据的输出频率，即角度、扭矩和 slab 中心。 ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755 |
