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gromacs-mdp-Non-equilibrium MDacc-grps: 恒定加速组（示例：Protein SOL，意味着 Protein 和 SOL 中的所有原子将经历加速线（accelerate line）中规定的恒定加速）。注意，加速基团质心的动能对系统的动能和温度有贡献。最好将每个加速组设置为单独的温度耦合组。 accelerate (0) [nm ps-2]: acc-grps 在 x、 y 和 z 方向的加速度（例如，0.1 0.0 0.0 -0.1 0.0 0.0 表示第一组在 x 方向上具有 0.1 nm ps-2 的恒定加速度，第二组相反）。 freezegrps: 将被冻结的组（即其 X、Y 和/或 Z 位置将不会更新；示例：Lipid SOL）。freezedim 指定冻结适用于哪些方向。为了避免由于完全冻结的原子之间的巨大作用力而对 virial 和压强产生虚假贡献，您需要使用能量基团排除（energy group exclusions），这也节省了计算时间。请注意，冻结原子的坐标不会通过压力耦合算法进行缩放。 freezedim: freezegrps 的冻结方向，为X、Y 和 Z 以及为每个组指定 Y 或 N（例如，Y Y N N N N 表示第一组中的粒子只能沿Z方向移动。第二组中的颗粒可以沿任何方向移动）。 cos-acceleration (0) [nm ps-2]: 用于计算粘度的加速度分布的振幅。加速度在X方向，大小为 cos-acceleration*cos(2πz/boxheight)。能量文件中添加了两个项：速度剖面的振幅和粘度的倒数。 deform (0 0 0 0 0 0) [nm ps-1]: box elements 的变形速度：a(x) b(y) c(z) b(x) c(x) c(y)。在每一步中，变形为非零的 box elements 计算为：box(ts)+(t-ts)*deform，对非 elements 进行周期性校正，坐标随变换而变换，冻结的自由度也（有目的地）被转换。在第一步和第（x 和 v 写入轨迹以确保精确重启的）步将时间 ts 设置为 t。当适当的压缩率设置为零时，变形（deformation）可与半各向同性或各向异性压力耦合一起使用。对角元素可用于对固体进行应变，非对角元素可用于剪切固体或液体。 ; Non-equilibrium MD stuff acc-grps = accelerate = freezegrps = freezedim = cos-acceleration = 0 deform = ———————————————— 版权声明：本文为CSDN博主「CocoCream」的原创文章，遵循CC 4.0 BY-SA版权协议，转载请附上原文出处链接及本声明。 原文链接：https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755 |
