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LAMMPS
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  • LAMMPS讲解20-in文件弛豫

    如果不设置该条命令，那么LAMMPS就会输出默认信息。LAMMPS实现这个命令的方式是通过计算原子之间的受力和能量，通过一些优化算法，移动原子的位置从而是体系总能量达到尽可能小。该命令是LAMMPS中极其重要的一类命令。比如在LAMMPS中nve系综就是只直接求解牛顿方程而不对速度和位置做任何干涉的系综。其设置是run 1000000以上就是弛豫部分。

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  • LAMMPS讲解19-in文件定义分组信息

    很多情况下我们需要对研究对象的不同部分施加不同的操作。LAMMPS中通过对对象中的原子进行分组实现。第二十条命令 group。

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  • LAMMPS讲解18-in文件定义对象的物理模型

    第十五条命令pair_coeff。根据定义的pair_style和粒子type的个数来决定pair_coeff的内容和条数。具体书写时可查看手册中对应的pair_style的例子。感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511

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  • LAMMPS讲解17-in文件定义对象的几何模型

    建立data文件称为LAMMPS的建模过程。LAMMPS的建模是个非常重要的步骤。对于分子结构需要自己使用第三方工具或者编程建立data文件实现。我习惯于自己写data文件建立模拟对象的构型。这里不再赘述，后面会专门讲LAMMPS建立data文件的教程。data文件中的信息要根据atom_style和分子的拓扑结构进行建立。

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  • LAMMPS讲解16-in文件定义模拟的基本规则

    同样，在LAMMPS中面对不同的研究对象，LAMMPS内置了不同的单位制。这个设置在LAMMPS中最常用。LAMMPS提供了很多方式设置邻居列表的更新频率。我们模拟的基本构成是原子。LAMMPS中内置了相当多的原子类型可以查看手册寻找自己需要的类型。在LAMMPS非键结相互作用即范德华和静电通过pair_style和pair_coeff命令设置。

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  • LAMMPS讲解15-in文件的命令解析规则

    LAMMPS命令区分大小写。ASCII与UTF-8LAMMPS在内部需要并处理7位ASCII格式的文本。LAMMPS将尝试检测这一点，并将非ASCII字符替换为已知的ASCI等效字符。建议在LAMMPS输入、数据和潜在文件中完全避免使用此类字符。

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  • LAMMPS讲解14- LAMMPS的in文件简介

    LAMMPS通过从输入脚本读取命令来执行计算，一次一行。当输入脚本结束时，LAMMPS退出。每个命令都会导致LAMMPS立即采取一些行动，而不考虑以后可能处理的任何命令。LAMMPS 检测到许多输入脚本错误并打印错误或警告消息。

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  • LAMMPS讲解13-LAMMPS编译过程

    在终端输入source ~/.bashrcwhich mpirun若输出了mpirun的目录则mpich安装配置成功第八步终端输入执行以下命令cd /home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src第九步打开目录/home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src/MAKE/OPTIONS下的Makefile.g++_mpich文件。在文件以下位置修改为MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/me/software/mpich/includeMPI_PATH = -L/home/me/software/mpich/libMPI_LIB =FFT_INC = -I/home/me/software/fftw/includeFFT_PATH = -L/home/me/software/fftw/libFFT_LIB =保存退出。

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  • LAMMPS讲解12- LAMMPS不能做的

    LAMMPS旨在成为用于分子动力学模拟的快速并行引擎。LAMMPS 网站的前/后处理页面描述了用于此任务的各种第三方工具。此外，一些 LAMMPS内部命令允许重建或选择性地添加拓扑信息，并提供插入分子模板而不是原子以构建大分子系统的选项。一些与 LAMMPS一起打包的后处理工具会进行这些转换。

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  • LAMMPS讲解11-LAMMPS能做的

    这些是你可能认为不是典型经典MD内容的LAMMPS功能:l静态和动态负载平衡，可选递归二等分分解l一般化的非球形颗粒l随机旋转动力学stochastic rotation dynamics l实时可视化和交互式 MD，内置图像和视频渲染器l计算虚拟衍射图案l计算有限温度声子色散和最小化结构的动力学矩阵l与有限元

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