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LAMMPS讲解13-LAMMPS编译过程

这里介绍在ubuntu在编译并行版LAMMPS并执行。首先假设你已经有了一台安装了ubuntu系统的电脑。你的用户名叫me。电脑联网。分别在LAMMPS官网,MPICH2官网和FFTW官网下载对应的lammpsmpichfftw的最新版源代码,然后

第一步按Ctrl+Alt+T打开一个终端,输入执行以下命令

sudo apt-get update

sudo apt-get install build-essential

sudo apt-get install vim

第二步输入执行

mkdir /home/me/software

mkdir /home/me/software/mpich

mkdir /home/me/software/fftw

第三步将下载好的三个源代码的压缩文件拷贝进/home/me/software目录下

第四步输入执行

tar -xvf <lammps压缩文件的名称>

tar -xvf <mpich压缩文件的名称>

tar -xvf <fftw压缩文件的名称>

第五步进入解压出来的mpich的目录执行

./configure -prefix=/home/me/software/mpich --disable-fortran

make

make install

第六步进入解压出来的fftw的目录执行

./configure -prefix=/home/me/software/fftw

make

make install

第七步输入执行

vim ~/.bashrc

打开.bashrc文件后按i键进入边界模式,将光标定位在文件末尾并添加以下一行

PATH=$PATH:/home/me/software/mpich/bin

esc键退出编辑模式,输入:wq后回车,这样就保存好了刚才的编辑,并退出了.bashrc文件回到了终端。在终端输入

source ~/.bashrc

which mpirun

若输出了mpirun的目录则mpich安装配置成功

第八步终端输入执行以下命令

cd /home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src

第九步打开目录/home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src/MAKE/OPTIONS下的Makefile.g++_mpich文件。在文件以下位置修改为

MPI_INC =       -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/me/software/mpich/include

MPI_PATH = -L/home/me/software/mpich/lib

MPI_LIB =

 

FFT_INC = -I/home/me/software/fftw/include

FFT_PATH = -L/home/me/software/fftw/lib

FFT_LIB =

保存退出。

第十步在终端依次执行

make yes-molecule

make yes-kspace

make yes-rigid

make yes-manybody

make g++_mpich

等待编译完成src目录下会生成lmp_g++_mpich的可执行文件,将此可执行文件拷贝至你的in文件所在的位置输入

mpirun -np <并行核数> ./lmp_g++_mpich -in <in文件名字>

运行正常结束则编译成功。

image.png 

 

感谢鲍路瑶老师的分享,内容来自于鲍老师分享出来的资料

如有需要添加微信:lmp_zhushou  进入微信群,帮助他人,共建社区

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