专栏博客
  • ms上如何建立set的框

    如图,选中了框想把他去除然后delete就好了

  • GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程

    3,检验是否安装完成。此处/usr/local/gromacs/bin/GMXRC路径是因为我们安装gromacs时没有指定安装路径,系统默认可执行文件放在/usr/local/bin当中。

  • Adjusting Bonds and Torsion Angles

    一旦选定了一个平面,就可以通过单击原子并拖动来操纵平面两端的原子。显示的角度会自动调整,选择的键长不会改变。左键点击一个取代基,或者在这个例子中,一个氢和一个选定的碳原子成键,就可以调整扭转角度。

  • Bond Centric Manipulate Tool

    Bond-Centric Manipulate tool可以改变分子的角度、键和扭转。·单击一个键并拖动光标可以调整平面。如果勾选了“Snap-to Bonds”,你会注意到平面在旋转时从黄色变成了蓝色。“Snap-to Threshold” 决定了一个平面与相邻键平面之间的夹角。例如,下面所示的“Snap-to Threshold”是10度。将Snap-to Threshold更改为90度是旋转平面只对相邻键平面进行snap的快速技巧。

  • Navigate Tool

    导航工具用于平移、旋转和缩放分子的视图。如果选中“Display visual cues”框,黄色箭头将显示正在进行的导航类型。点击黑色显示屏上的任何地方并拖动鼠标,整个分子就会倾斜并旋转(如下图所示)。一个分子也可以通过点击原子并拖动鼠标来绕原子旋转。如下图所示,丙酮围绕其初始碳旋转。右击可以改变分子在显示屏上的位置。双击该分子将重置该分子的视图。使用鼠标的中间滚动条可以让你放大和缩小。

  • AVOGADRO讲解06-创建分子

    您可以输入“O”,或者从下拉菜单中选择“Oxygen ”,然后单击黑色显示。

  • AVOGADRO讲解05-选择模式

    通常,选择工具允许对原子、键或片段进行单独的选择。有三种选择模式: “Atom/Bond”, “Residue”, 和“Molecule”.“Atom/Bond”选择模式为您提供了在分子中选择单个原子的能力。右击黑色显示将清除所做的选择。“Residue”选择模式选择一个分子内的整个残基。单击和拖动光标是选择分子或分子碎片的另一种方式。

  • AVOGADRO讲解04-创建二氧化碳

    开始绘制“O-C-O”结构。结构画好后,你所要做的就是点击左键。左键点击将创建一个双键(如图所示)。一旦你创建了你的分子,你可以通过extensions menu优化它的几何形状。选择“Extensions”菜单,并点击“Optimize Geometry”将为您的分子提供适当的键长和角度。现在你已经掌握了在Avogadro画分子的基本知识!

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