由于热导率和粘度计算过程不一样需要分开计算，但两个计算可以共享一个弛豫后的restart文件。RNEMDS方法的原理是将模拟盒子划分为偶数个薄层，然后人为的交换最中间的一层与最两边两层之间的速度，从而形成由中间流向两边的热流或动量流。
Green-Kubo方法的计算热导率的原理是利用系统热流的时间自相关函数进行计算，其公式为由于体系是各向同性的所以xyz三个方向上的热流自相关函数计算出来的热导率应该是相同的，所以可以计算出来三个方向上的热导率系数然后取平均。在LAMMPS中利用compute heat/flux来计算系统的热流。
所以，我对分子动力学直接模拟纳米流体的热物性参数，甚至流动现象并不看好。但是针对纳米流体我们还是可以去研究很多基础传热方面的问题。下面分为两个部分进行介绍纳米流体的基本研究过程。基本传热性质采用球套球的方式进行模拟。
滑移长度采用纳维尔模型计算L_s=v_s/gamma，其中v_s和gamma分别为液体在固液界面处的滑移速度和剪切率。粘度分布计算液体温度随剪切率显著升高会影响液体的粘性。不同固液相互作用强度下液体的粘性随界面剪切率（驱动力）的变化关系，如下图由此不同条件下滑移长度和热阻长度就可以计算出来，进行分析。
compute chunk/atom可以把具有部分特征的原子归结为一个chunk，然后供后面带chunk的compute和fix style进行计算。compute chunk/atom中的bin/1d，bin/2d，bin/3d可以将模拟盒子分解为一维，二维和三维网格，如
近年来纳米流动受到了更多的关注。纳米流动的建模相对简单。这也是纳米流动最常用的模型。然而，纳米流动的出现使得滑移边界条件再次进入人们的视野。查阅文献找到纳米流动或微流动散热器件设计的可能性。在LAMMPS中泊肃叶的流动通过对所有流体原子施加一个固定的力来实现模拟。
LAMMPS模拟通常有两个阶段，设置和运行。LAMMPS会尝试标记错误并打印错误消息，以便解决问题。对于给定的命令，LAMMPS需要以指定顺序的某些参数。非法数字会导致LAMMPS运行缓慢或崩溃。同时，LAMMPS可能挂起的一种方式是由于不同的MPI实现如何处理消息的缓冲。
在进行LAMMPS模拟的时候经常会要求对固体表面进行羟基化。如果使用MS则需要建模后使用msi2lmp进行data文件转换。这里提供一种新的方法，即使用moltemplate建模，然后利用LAMMPS中的fix bond/create 进行羟基化。同时这是一种通用性很高的方法对于实现固体表面接枝官能团或接枝分子刷都是适用的。建模思路是首先在moltemplate中建出铜块和铜块上部的排列整齐的羟基基团。
# ----------------- Init Section -----------------dimension 3boundary f f funits metalneighbor 3.0 binneigh_modify every 1 delay 0 check yesatom_style
本例发布氯化钠NaCl熔盐粘度和扩散系数模拟。力场参数取自文献Solid–solid phase equilibria in the NaCl-KCl system。粘度通过Green-Kubo关系计算，还可以通过其他方法获得更为准确的粘度。扩散系数通过均方位移计算。在本例in文件的基础上还可以计算热导率，RDF等其他参数。
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