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LAMMPS
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  • LAMMPS讲解10- LAMMPS介绍

    部分LAMMPS功能还支持OpenMP多线程、矢量化和GPU加速。所有版本都可以以源代码形式在LAMMPS网站下载。LAMMPS旨在易于修改或扩展新功能，例如新的力场、原子类型、边界条件或操作。LAMMPS包含的相互作用大多是短程的，但还包括一些长程作用。LAMMPS使用邻居列表来跟踪附近的粒子。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解09-并行通信算法

    在大多数情况下，LAMMPS数值积分原子，分子或者宏观颗粒等粒子的牛顿运动方程。为了计算效率，LAMMPS采用邻居列表的方法来追踪某个粒子周围对其产生相互作用的粒子。在多核并行计算时，LAMMPS采用基于空间分配技术将模拟区域分割为小的三维子区域，然后将每一个子区域分配给一个处理器进行计算。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解08-牛顿方程的数值解法和周期性边界条件

    周期性边界条件具有两个特点。周期性边界条件要求在计算边界附近原子的受力时，不仅要考虑本身模拟区域中截断半径以内的原子，还要将最近的周期性镜像区域中处于截断半径所表征区域内的原子也考虑在内，这就等价于考虑了在对面边界附近的原子。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解07-温度、压强

    温度对于分子动力学模拟是一个很重要的物理量，因为分子动力学一般用来 模拟凝聚态，如果温度过高就气化了。压强在分子动力学中这样定义的其中，V是系统体积。第一项来自原子热运动的贡献。压强和温度都是强度量，就是说其值与系统规模无关。更多分子动力学的细节将结合 LAMMPS 使用过程进行介绍。

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解06-力场选择

    目前研究者针对分子体系已经开发出多套力场。对蛋白质构象的模拟:ff99SB+ildn+nmrCHARMM27OPLSf99。后来添加了C、H的LJ参数的叫做AI-REBO力场。大分子力场CHARMM=ChemistryatHARvardMacromolecularMechanics，函数形式简单，包含以下版本：CHARMM19：联合原子力场，也适用于蛋白质。CHARMM22：全原子力场，适用于蛋白质。名字编号是最初使用这种力场的CHARMM版本得名的。这是目前最好的amber力场。

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解05-分子物质

    原子之间有化学键连接的物质。比如常见的水，甲烷，乙醇，醋酸，氯化钠，聚 乙烯，酯类，氨基酸，RNA，DNA 等。分子物质是分子动力学模拟应用最广的 对象之一。为了描述分子物质研究者开发出了一系列力场。元素构成较为复杂的分子，如 RNA，就会同时具有四种键结相互作用。分子动力学为描述这种情形就采用这样键能组合的形式。

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解04-简单液体

    描述范德瓦尔斯作用最常用的表达式是Lennard-Jones12/6势能。通常用LJ12/6描述的物质也称为简单液体。上图是LJ/126势函数的图像。因此在实际计算的时候都会使用截断的LJ/126。LJ/126的参考位置选择在了无限远处。类似LJ/126势能以及其他拓展的LJ势能，都称为对势，其含义是两个原子之间的相互作用只由这一对原子决定，与其它相邻原子没有关系。

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解03-势能

    前面我们知道要获得所有原子的轨迹，需要知道原子的质量，初始位置，初 始速度和依赖于位置的受力函数。原子的质量，初始速度和初始位置都是我们人 为设定的值。不同研究对象的原子质量，初始速度和位置很容易获得。不同研究 对象更本质的差别在于依赖于位置的受力函数，这个函数又被称为相互作用。相 互作用的形式和参数决定了研究对象的性质和行为。在分子动力学中，这个相互 作用通过原子之间的势能进行描述，因此又称为势能函数或势函数。而受力是势 能对位置的负梯度，因为实践表明原子之间的受力都是保守力。举个例子，重力 和重力势

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解02-基本原理

    分子动力学的基本任务就是获取物体在任意时 刻组成原子的所有位置和动量然后利用统计力学知识理解物体的性质和行为。分子动力学的基本原理就是这么简单，正因为简单所以有效。但是，基本上你可以认为这就是分子动力学的原理和流程。上述过程由 LAMMPS 帮你实现，你需要做的就是设置研究对象的基本信息，告诉给 LAMMPS，然后开始模拟。

    2023-02-13 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解-01-前言

    第一是 Publication 部分 https://www.lammps.org/papers.html，记录引用 LAMMPS 的所有文章，多看看对自己的研究有所启发。Maillist 部 分 https://www.lammps.org/mail.html 是 LAMMPS 的支持社区。感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区

    2023-02-11 0 0 0 0
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