耗散粒子动力学是专为流体而开发的介观粗粒化模拟方法。这也是耗散粒子动力学的名字的由来。本专题主要介绍原始的耗散粒子动力学。在LAMMPS中主要通过pair dpd进行基础或原始耗散粒子动力学模拟。因此在耗散粒子动力学中系综一定要采用fix nve。在耗散粒子动力学中比较重要的是边界条件的设置。
表面纳米气泡是现在的一个研究热点。本例发布纳米气泡的电润湿模拟。电润湿通过在近壁区施加一个力来等效电润湿。可以看到当电润湿施加后纳米气泡的形态发生了很大的变化。由于气体原子个数时固定的，当纳米气泡接触角减小的同时，气泡体积也大幅减小。
本例发布平直液面的表面张力计算过程。使用的是水的SPCE模型。将得到的pyy和pzz取平均就得到了平行于液面的压强pt，而pxx就是垂直于液面的压强pn。将pn列减去pt列，并将得到的结果乘以bin的厚度，此处是1埃。将最终得到的结果列求和除以2就是表面张力值。本例计算出的表面张力值是54mN/m，文献值是52mN/m，实验值是72mN/m。
本例发布如何结合Ligpargen和moltemplate建立离子液体的in和data文件。采用相同的方法建立阴离子的一个分子的data文件。后续的分析可以在in文件中添加内容得到。
关于这个主题只要能细致地考究ReaxFF力场参数的细节，就可以获得准确的结果。本例发布采用ReaxFF计算有机分子的热分解并说明如何计算活化能。如果要观察分子式如何分解，即键是如何断裂和生成的，可使用公众号中的脚本：小工具之ReaxFF成键断键可视化。所以再次证明ReaxFF只要有可靠的力场就能很准确的模拟化学反应。
ReaxFF已经存在很多的力场参数。本节介绍力场参数的验证过程。目前在LAMMPS中只用Qeq方法进行电荷动态平衡。该方法要求有三个参数分别是chi eta gamma对于LAMMPS来说，可以直接采用ReaxFF中力场文件中的参数，也可以自己单独写一个文件定义这些参数。这里采用LAMMPS计算ReaxFF所得到的电荷并与采用量子化学的电荷进行对比。具体的Qeq参数见下表。
验证的主要过程就是对比由DFT计算得到的能量和ReaxFF计算得到的能量，分子越简单能量对比越有效。得到的能量的单位是Hartree，需要转换为Kcal/mol以和lammps的计算结果进行对比。在对比DFT结果和ReaxFF结果时都会采用相对能量，即将所有计算得到的能量减去能量的最小值。
使用ReaxFF研究水泥基体系是其重要的应用，可以研究其腐蚀老化等化学反应机理。本例发布钙矾石的拉伸性能模拟。文件未经过测试，欢迎反馈问题。的勾选建完的模型如下图，超出盒子的不是会由周期性边界条件显示的原因。
到目前为止使用LAMMPS有两种计算局部应力的方法。第一种可以在LAMMPS的所有版本中使用，第二种仅限于lammps-1Feb14版本。当然你可以修改Nakamura的源代码使其适应LAMMPS的最新版本。第一种LAMMPS原生支持可以对任何体系进行计算，但是统计涨落较大并且在界面处应力计算会出错。所以利用LAMMPS中的compute stress/atom是可以直接计算界面的表面张力的。
前面的例子讲到LAMMPS中原生的计算局部应力的方法只适应于体相系统，而不能在界面上进行计算。这个结果可以通过修正计算应力的方法来得到正确的pxx。在剪切驱动流动根据定常流动的力学平衡，可以确定剪切应力在不同位置出应该为定值。而IK方法则完美的计算出了定值的剪切应力，说明IK方法的正确性。
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