本例发布OPLSAA力场下的NaOH溶液的in和data文件，获取请加微信lmp_zhushou只需要把一个长run打断成多个短run就可以避免出现PPPM错误，以下是NaOH溶液例子弛豫的例子# ----------------- Init Section -----------------uni
铁表面镀碳膜，一个简单的示例。
当使用建模软件建好有机模型后在弛豫的时候分子通常都会发生分解。
moltemplate可以结合packmol进行建模。很方便，但是有几个细节需要注意。在lt文件的atom定义部分和xyz或pdb文件中原子顺序要一致。后面system.lt阵列的时候也要按照import的顺序。参考后面的各个文件就可以照猫画虎生成自己的data文件。
有时候平衡状态下高分子的状态是自发伸展的活蜷缩的，怎么通过命令强迫高分子进行伸展或蜷缩。答案是使用fix spring/rg command该命令对group中的每个原子施加一个弹簧力是的高分子的回转半径趋向设定值。比如平衡状态下高分子是蜷缩的，那么可以设定一个较大的回转半径值，使的高分子的回转半径从小变到达实现伸展。
Enhanced Monte Carlo 是除moltemplate之外另一款与LAMMPS完美对接的建模软件，功能也很强大。EMC的主页是：https://montecarlo.sourceforge.net/emc/Welcome.htmlEMC同时支持Windows，Linux和MacOS，在主页下载对应的版本就行。EMC提供的是可执行文件，因此无需编译。
内容来自公众号：分子模拟全能助手LAMMPS的计算功能强大，作为计算引擎首屈一指，但是LAMMPS后处理功能不充分。vmd是一款优秀的开源可视化及后处理工具之一。使用vmd对LAMMPS的轨迹进行氢键分析需要LAMMPS输出特定格式的轨迹。由于后缀是.xyz所以vmd可以直接识别，把轨迹拖入vmd的主窗口就可以自动读取了。结束后，氢键信息就在输出的文件中了。
本节介绍了包装 LAMMPS 的商业和免费软件，为开发模型、运行仿真和分析结果提供了一个用户友好的环境。MedeA使用流程图简化了LAMMPS模拟。Scienomics为 LAMMPS用户提供完整的电话和电子邮件支持。XenoView可以导出可在LAMMPS中用于大规模模拟的数据文件和输入脚本。l直接从 Python 调用 LAMMPS 并立即检索结果数据或 LAMMPS 错误语句。
当LAMMPS读取输入脚本时，它会在屏幕和日志文件中打印有关设置模拟所采取的重要操作的信息。当运行结束时，LAMMPS会打印最终的热力学状态和模拟的总运行时间。这些线程计时仅针对第一个 MPI 等级测量，因此，由于 MPI 任务的细分可以从 MPI 等级更改为 MPI 等级，因此对于各个等级，这种分解可能非常不同。
LAMMPS可执行文件的名称是lmp或 lmp_machine，其中machine是编译LAMMPS时使用的机器字符串。当LAMMPS运行时，它会在屏幕上打印信息和一个名为log.lammps的日志文件。如果LAMMPS在输入脚本中或在运行模拟时遇到错误，它将打印错误消息并停止或警告消息并继续。LAMMPS可以在任意数量的处理器上运行相同的问题，包括单个处理器。
微信扫一扫
