|
LAMMPS讲解24-LAMMPS输出轨迹用vmd后处理氢键内容来自公众号：分子模拟全能助手 LAMMPS的计算功能强大，作为计算引擎首屈一指，但是LAMMPS后处理功能不充分。这就需要借助一些后处理工具。vmd是一款优秀的开源可视化及后处理工具之一。使用vmd可以方便地分析LAMMPS的轨迹。其中，最常用的就是进行氢键的分析。以下是相关教程，教程如有错误欢迎加微信lmp_zhushou进行反馈。也可加微信lmp_zhushou进入微信群进一步交流。
使用vmd对LAMMPS的轨迹进行氢键分析需要LAMMPS输出特定格式的轨迹。需要使用的命令当然是dump，但是需要输出xyz格式的轨迹，同时使用dump_modify进行元素映射。以下是一个例子。假设你的体系中有5个atom type，分别是1，2，3，4，5，这五个分别对应C、H、O、N、P。那么dump和dump_modify命令需要这样写 dump myDump all xyz 100 dump.xyz dump_modify myDump element C H O N P 这样输出的轨迹就是包含元素名的xyz格式的轨迹。通常情况对于经典力场同一个元素会有多个type，比如你有9个atom type：1，2，3，4，5，6，7，8，9，分别对应C，H，O，C，N，C，P，N，P。那么你的dump和dump_modify就应该这样写 dump myDump all xyz 100 dump.xyz dump_modify myDump element C H O C N C P N P 这里有一个小技巧，如果你的体系中有多个O或者其他极性原子，比如水分子中的O和乙醇中的O，而你想看乙醇中的O与水分子中的H之间的氢键那么你可以自己重新定义水分子中的O，把这个O故意分配成N或者。这样在vmd中做选择的时候就可以把不同分子中的O区分开来。 有了轨迹后就可以导入vmd中分析氢键了。 由于后缀是.xyz所以vmd可以直接识别，把轨迹拖入vmd的主窗口就可以自动读取了。读取结束后，按如下菜单选择打开氢键分析窗口
氢键分析窗口如下
第一步：选择你刚才导入的xyz格式的轨迹 第二步：选择要分析的元素。如果Selection 1既是donor又是acceptor那么只需要设置Selection 1就行了，然后把后面的Selection 1 is the选择为Both。如果Selection 1是donor那么就要设置Selection 2了。这个时候一般会把Selection 1设置为donor，Selection 2为acceptor。也就是说Selection 1 is the那里选择为Donor。这里的选择设置需要根据自己的情形。设置选择是输入type O就是选择为O，type N就是选择N。如果设置为all就是选择所有。这个时候可以勾选Only polar atoms(N, O, S, F)? 第三步：设置氢键的几何标准，这个一般取默认值就行，如果需要修改则需要参考文献中的设置。 第四步：取消绘图勾选。 第五步：勾选输出文件信息。 第六步：设置氢键信息的输出路径和文件名。这里最好修改为非C盘路径。 最后点击Find hydrogen bonds！按钮开始分析氢键。 结束后，氢键信息就在输出的文件中了。
感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料 如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区 获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511 |
