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LAMMPS讲解28-ReaxFF防止弛豫发生分解反应当使用建模软件建好有机模型后在弛豫的时候分子通常都会发生分解。这个有多种原因。主要有两种：第一力场参数不符合你模拟的体系；第二建立的模型在reaxff力场下偏离平衡状态太远。当你确认力场合适的时候，可以采用给分子加一个额外的bond约束。当你使用建模软件，比如ms建好模型后将data文件中angle，dihedral和improper部分都删除，只保留bond部分，并把所有的bond type都改为1。然后添加bond_style harmonic进行额外的约束。然后开始弛豫，在弛豫的过程中不断减小bond_coeff的能量项逐渐消除约束的强度直到完全消除约束，然后写出data文件。这就要求你要重复执行多次计算才行，可以使用loop实现循环计算。此时的data文件就是弛豫好的模型，可以直接开始跑反应。添加bond约束的命令如下： bond_style harmonic bond_coeff 1 500 1.2 #这条命令一定要加否则会使用默认的设置，而消除reaxff对键结原子的应用 special_bonds lj/coul 1.0 1.0 1.0 完整的in文件如下：
units real boundary s s s atom_style full neighbor 3.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check no
read_data 50.data
pair_style reaxff NULL safezone 4.8 mincap 400 minhbonds 200 pair_coeff * * SiONH.ff C H O N bond_style harmonic bond_coeff 1 500.00 1.2 special_bonds lj/coul 1.0 1.0 1.0
timestep 0.25 velocity all create 300.0 4928459 rot yes dist gaussian thermo 100 thermo_style custom step temp pe ke thermo_modify flush yes
fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 25.0 fix 3 all qeq/reaxff 1 0.0 10.0 1e-6 reaxff
dump 1 all custom 500 dump.lammpstrj id mol type q x y z fix sp all spring/rg 5.0 100.0
run 1000000
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