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LAMMPS讲解25-LAMMPS建模神器-Enhanced Monte Carlo (EMC)的安装Enhanced Monte Carlo (EMC)是除moltemplate之外另一款与LAMMPS完美对接的建模软件，功能也很强大。特别的它的设置十分简单。 最重要的是这个软件支持自动原子分配，这就省老鼻子事了。 EMC的主页是：https://montecarlo.sourceforge.net/emc/Welcome.html EMC同时支持Windows，Linux和MacOS，在主页下载对应的版本就行。 EMC提供的是可执行文件，因此无需编译。只需要添加三个环境变量就行了。最新版的EMC是9.4.4版本，解压缩安装包后会出现v9.4.4这个文件夹，假设你把v9.4.4这个文件夹放在了这个路径下/home/me/software。这个路径中me是你的Linux用户名，你需要改成自己的用户名。那么需要添加的三个环境变量分别是： 首先执行 在Linux下执行 vim ~/.bashrc 或在MacOS下执行 vim ~/.zshrc 在打开的文件末尾添加以下三行（注意路径是自己的实际路径） export EMC_ROOT=/home/me/software/v9.4.4 export PATH=/home/me/software/v9.4.4/bin:$PATH export PATH=/home/me/software/v9.4.4/scripts:$PATH 保存退出后执行 source ~/.bashrc 或 source ~/.zshrc 这样EMC就安装好了。 下面是一个示例。首先你需要建立一个输入文件setup.esh EMC建模基于SMILES字符串，而这个字符串可以很长很长（但要确保正确） 比如 #!/usr/bin/env emc_setup.pl ITEM OPTIONS replace true mass true ntotal 1000 density 0.01 field pcff build_dir . ITEM END ITEM SHORTHAND mol O=C(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC1=CC=C(O)C(O)=C1)CC(OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CNCCC2=CC=C(O)C(O)=C2)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(CN(CC3=CC=CC=C3)CC(OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC4=CC=C(O)C(O)=C4)CC(OC[C@](COC(CN(CC(OCCCCOC(CN(CCC5=CC=C(O)C(O)=C5)CC(OCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COCC(COC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC6=CC=C(O)C(O)=C6)CC(OCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCOCCOC(C=C)=O)=O)CCC7=CC=C(O)C(O)=C7)=O)COC(CNCCC8=CC=C(O)C(O)=C8)=O)=O)=O)=O)CCC9=CC=C(O)C(O)=C9)=O)=O)CCC%10=CC=C(O)C(O)=C%10)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CCC%11=CC=C(O)C(O)=C%11)=O)(COC(C=C)=O)COC[C@](COC(CN(CC(OCCOCCOC(C=C)=O)=O)CCC%12=CC=C(O)C(O)=C%12)=O)(COC(CNCC%13=CC=CC=C%13)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CC%14=CC=CC=C%14)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CCC%15=CC=C(O)C(O)=C%15)OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCCCOC(C=C)=O)=O)CC%16=CC=CC=C%16)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O,1 ITEM END ITEM COMMENTS ITEM GROUPS mol O=C(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC1=CC=C(O)C(O)=C1)CC(OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CNCCC2=CC=C(O)C(O)=C2)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(CN(CC3=CC=CC=C3)CC(OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC4=CC=C(O)C(O)=C4)CC(OC[C@](COC(CN(CC(OCCCCOC(CN(CCC5=CC=C(O)C(O)=C5)CC(OCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COCC(COC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CC(OCCOCCOC(CN(CCC6=CC=C(O)C(O)=C6)CC(OCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCOCCOC(C=C)=O)=O)CCC7=CC=C(O)C(O)=C7)=O)COC(CNCCC8=CC=C(O)C(O)=C8)=O)=O)=O)=O)CCC9=CC=C(O)C(O)=C9)=O)=O)CCC%10=CC=C(O)C(O)=C%10)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CCC%11=CC=C(O)C(O)=C%11)=O)(COC(C=C)=O)COC[C@](COC(CN(CC(OCCOCCOC(C=C)=O)=O)CCC%12=CC=C(O)C(O)=C%12)=O)(COC(CNCC%13=CC=CC=C%13)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CC%14=CC=CC=C%14)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)COC(C=C)=O)=O)=O)=O)CCC%15=CC=C(O)C(O)=C%15)OC[C@](COC(C=C)=O)(COC(CN(CC(OCCCCOC(C=C)=O)=O)CC%16=CC=CC=C%16)=O)COCC(COC(C=C)=O)(COC(C=C)=O)COC(C=C)=O ITEM END ITEM CLUSTERS mol mol,1 ITEM END # Comments end ITEM END 然后执行 emc_setup.pl setup.esh 这个会生成一个build.emc的文件，执行 Linux emc_linux64 build.emc macos emc_macos build.emc 这样就可以生成data文件了。
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