因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。如进行拉伸时，材料在垂直拉伸方向应该会出现收缩。体相模拟需要借助周期性边界条件，在周期性边界条件下实现盒子缩放需要使用fix npt但是npt又会干扰材料正常的力学响应。边界条件使用fix nvt就行。
所以这个专题重点讲解怎么进行相关机械变形的设置。主要以一根纳米铜柱为例进行模拟。因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。还有不建议使用分子动力学进行体相材料的拉伸等模拟。如进行拉伸时，材料在垂直拉伸方向应该会出现收缩。边界条件使用fix nvt就行。
从MS中导出LAMMPS的data文件在导出模型之前先做两件事，第一是把模型box在Z方向加大一点，可以避免Z方向上由于周期性而导致非物理的作用和现象发生，也就是说避免基底在液滴上方对水分子有作用，第二是给模型赋力场。势函数参数可以写在data文件中，也可以写在in文件中。
Gaussian 09输入由写在ASCII文本文件中一系列的行构成。这一部分在输入中是必须的，但是不 被Gaussian 09程序分析。大多数Gaussian 09任务只包括第二、三、四部分。输入语法一般情况下，Gaussian 输入遵循下面的语法规则： 自由格式输入，且大小写无关。在整个 Gaussian 09 系统中，所有的关键词和选项都可以简化为最短的可区分的缩写形 式。
本期是润湿系列教程的第三期，主要讲解使用MS建立基底，并与上期使用Packmol建立的液滴合并，导出之后即可进行下一步操作，即模拟。MS建立基底在实际的模拟，基底常常会有不同的结构，使用atomsk可以轻易得到，我们在这里不讲解关于atomsk的操作。
将该脚本命名为Droplet.inp,将Packmol执行程序、分子模板文件和Packmol脚本文件放进同一个文件夹，如下图：打开命令窗口，使用以下命令即可完成建模。感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511
使用Packmol建立液滴模型需要以下几个文件：Packmol执行程序、分子模板文件和Packmol脚本文件。Packmol脚本文件下面开始准备Packmol脚本文件，本文以球形液滴为例。Packmol脚本文件的逻辑非常简单，即：读入分子模板==把指定数量的分子放入指定区域==写出模型文件。
Packmol使用方法非常简单，只需少量脚本就可以建立比较复杂的模型，如下图所示。我们将使用Packmol建立所需形状的各类液滴，比如水滴、离子液滴、溶液液滴等。类似于Packmol，Atomsk同样具有容易上手，脚本简单，功能强大的特点，特别对于各种晶体模型的建立很方便。模拟主要靠LAMMPS全家桶，包括lammps主程序以及一些附件工具，如msi2lmp等。
上一节中的水分子模型采用TIP4P/2005模型。在弛豫完成后通过将水滴向下移动一段距离使其与下壁面接触从而自发润湿。在移动水滴时要调试移动距离以确保水滴下端距离下壁面足够近，但又不会引发原子重叠，一般距离3埃左右为宜。
下面介绍如何使用moltemplate建立上图的模型。LAMMPS的使用重点前处理任务之一就是建立模型。实现LAMMPS的通用建模方法是很困难的。在这些工具中moltemplate是一款专门为LAMMPS建模开发的软件，与LAMMPS是无缝衔接的。假设moltemplate在路径/home/user下。通过阵列复制moltemplate内部自动处理atom id，type以及坐标这些信息。moltemplate没有GUI界面和LAMMPS一样通过编写文本文件然后读入文件内容执行。
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