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LAMMPS讲解54-润湿使用Packmol建立液滴模型使用Packmol建立液滴模型需要以下几个文件：Packmol执行程序、分子模板文件和Packmol脚本文件。 Packmol源代码和执行文件可以在官网获取，我们也在QQ群(670911765)里上传了，需要的同学在群文件中自行下载。 http://www.ime.unicamp.br/~martinez/packmol/userguide.shtml Packmol语法非常简单，堪称一看就会，一做就对，就没有专门讲解的必要了，如果同学们有需求可以专门写一期。 现在准备分子模板，分子模板可以认为是我们需要建立模型的最小单位，比如水滴的分子模板就是水分子。如果液滴中含有不同分子、或者离子，则分子模板也需要分开准备。下面以纯水液滴和氯化钠溶液液滴为例。 水分子模板 HEADER water COMPND SOURCE HETATM 1 H HOH 1 9.626 6.787 12.673 HETATM 2 H HOH 1 9.626 8.420 12.673 HETATM 3 O HOH 1 10.203 7.604 12.673 CONECT 1 3 CONECT 2 3 CONECT 3 1 2 END 水分子需要给出原子序号、类型和相对位置(HETATM开头的行)，以及连接情况(CONECT开头的行)，其余行应该每个分子模板都是一样的。 氯离子模板 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sun Apr 08 01:52:21 中国标准时间 2018 ATOM 1 Cl MOL 2 -0.457 1.541 18.284 1.00 0.00 Cl1- TER 2 钠离子模板 REMARK Materials Studio PDB file REMARK Created: Sun Apr 08 01:52:05 中国标准时间 2018 ATOM 1 Na MOL 2 0.653 1.541 18.284 1.00 0.00 Na1+ TER 2 氯离子模板和钠离子模板仅需给出离子的位置就行(ATOM开头的行)，可以随意修改。细心的同学可以看出水分子模板和氯离子、钠离子的模板格式有些不同，那么笔者是怎么知道该怎么写呢？事实上，我也不知道，其实也不用关心，因为这个模板是从Materials Studio里面导出出来的。只需在Materials Studio建立一个水分子、氯离子或者钠离子在导出pdb格式文件即可，需要注意的事这个时候并不需要建立box。所以读者可以自行建立pdb文件，也可以采用本文给出的模板，将模板内容复制进入文档，并分别命名为H2O.pdb、Cl.pdb和Na.pdb即可。 Packmol脚本文件 下面开始准备Packmol脚本文件，本文以球形液滴为例。Packmol脚本文件的逻辑非常简单，即：读入分子模板==>把指定数量的分子放入指定区域==>写出模型文件。以下是Packmol脚本文件示例： # #表示注释 tolerance 2.0 #tolerance表示距离约束容差，可以理解为原子间最小距离不低于该值，对于水分子和氯离子钠离子来说2Å是个不错的值 filetype pdb #filetype表示原子类型，这里选择pdb格式 output Droplet.pdb #output表示输出文件，droplet.pdb为输出文件名 # 1000个水分子置于半径为20球内部 # 球心位于原点 structure H2O.pdb #以H2O.pdb为模板建立structure number 1000 #水分子数量为1000 inside sphere 0.0 0.0 0.0 20.0 #inside sphere表示在球内部，0.0 0.0 0.0 为球心坐标，20.0为半径 end structure #停止使用该模板建模
# 10个氯离子和钠离子置于半径为20球内部 # 球心位于原点 structure Cl.pdb number 10 inside sphere 0.0 0.0 0.0 20.0 end structure
structure Na.pdb number 10 inside sphere 0.0 0.0 0.0 20.0 end structure
感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料 如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区 获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511 该部分由武汉大学阿湖宝博士编写 |
