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LAMMPS讲解14- LAMMPS的in文件简介LAMMPS通过从输入脚本（文本文件）读取命令来执行计算，一次一行。当输入脚本结束时，LAMMPS退出。这与在开始计算之前读取和处理整个输入的程序不同。 每个命令都会导致LAMMPS立即采取一些行动，而不考虑以后可能处理的任何命令。命令可以设置内部变量、读入文件或运行模拟。这些动作可以分为三类： a) 更改全局设置的命令（例如：timestep、newton、echo、log、thermo、restart）， b) 添加、修改、删除或替换“run”期间执行的“style”的命令（例如：pair_style、fix、compute、dump、thermo_style、pair_modify），以及 c) 执行“run”或执行某些其他计算或操作的命令（例如：print、run、minimize、temper、write_dump、rerun、read_data、read_restart） a) 类中的命令具有默认设置，这意味着只需要在希望更改默认设置时使用该命令。 在许多情况下，输入脚本中命令的顺序并不重要，但当全局状态在c)类别中的命令之间发生更改时，可能会产生影响。以下规则适用： LAMMPS 不会读取您的整个输入脚本，然后使用所有设置执行模拟。相反，输入脚本一次读取一行，每个命令在读取时生效。因此这个命令序列： timestep 0.5 run 100 run 100 与下面这个命令是不同的： run 100 timestep 0.5 run 100 在第一种情况下，指定的时间步长 (0.5 fs) 用于两次模拟，每次100个时间步长。在第二种情况下，第一个100步模拟使用默认时间步长 (1.0 fs)，第二个使用0.5 fs时间步长。 有些命令只有在跟随其他命令时才有效。例如，在定义原子并使用group命令定义哪些原子属于该组之前，您不能设置一组原子的温度。 有时，命令B将使用可以由命令A设置的值。这意味着如果要产生所需的效果，命令A必须在输入脚本中的命令B之前。例如，read_data命令通过设置模拟盒子并将原子分配给处理器来初始化系统。如果不需要默认值，则需要在read_data 之前使用处理器和边界命令来告诉LAMMPS如何将处理器映射到模拟盒子。 LAMMPS 检测到许多输入脚本错误并打印错误或警告消息。每个命令的文档都列出了如何使用该命令的限制。 您可以使用-skiprun命令行标志让LAMMPS跳过任何“run”、“minimize”或类似命令的执行，以检查整个输入的语法是否正确，以避免在长时间运行时因拼写错误或语法错误而崩溃。
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