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LAMMPS讲解17-in文件定义对象的几何模型第十四条命令read_data。这条命令用来读取粒子的初始位置，键结信息等。这些信息写在一个data文件中。建立data文件称为LAMMPS的建模过程。LAMMPS的建模是个非常重要的步骤。我们可以在in文件中利用creat_box和create_atoms命令建立。但是这两条命令只能用来创建晶体结构。对于分子结构需要自己使用第三方工具或者编程建立data文件实现。我习惯于自己写data文件建立模拟对象的构型。LAMMPS的data文件建立比较麻烦，一般要使用多个工具联合建模。这里不再赘述，后面会专门讲LAMMPS建立data文件的教程。data文件中的信息要根据atom_style和分子的拓扑结构进行建立。以一个由分子构成的模拟对象，也即atom_style是full为例data文件内容为： LAMMPS Description #第一行写描述信息
116803 atoms #共多少个atoms 70386 bonds #共多少个bonds 41643 angles #共多少个angles 13700 dihedrals #共多少个dihedrals 2550 impropers #共多少个impropers
191 atom types #共多少个atoms types 195 bond types #共多少个bonds types 356 angle types #共多少个angles types 548 dihedral types #共多少个dihedrals types 102 improper types #共多少个angles types
0 97.92 xlo xhi #x方向的上下边界 0 97.92 ylo yhi #y方向的上下边界 -15.0 160 zlo zhi #z方向的上下边界
Masses
1 15.9994 # 1号atom type的质量 2 1.008 # 2号atom type的质量 ......
Atoms
1 1 1 0.0 0.0 0.0 145.0 #粒子编号，粒子所属分子的编号，粒子类别（atom type），带电量，x坐标，y坐标，z坐标 2 1 1 0.0 0.0 2.04 147.04 ......
Bonds
1 2 13825 13826 #bond的编号，bond type，组成bond的第一个，第二个的原子编号 2 3 13826 13827 .......
Angles
1 2 13825 13826 13827 #angle的编号，angle type，组成angle的第一个，第二个，第三个的原子编号 2 3 13825 13826 13828 ......
Dihedrals
1 1 13825 13826 13828 13829 #dihedral的编号，dihedral type，组成dihedral的第一个，第二个，第三个，第四个的原子编号 2 2 13826 13828 13829 13830 ......
Impropers
1 1 13826 13825 13827 13828 #improper的编号，improper type，组成improper的第一个，第二个，第三个，第四个的原子编号 2 2 13835 13834 13836 13837 ......
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