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LAMMPS讲解12- LAMMPS不能做的LAMMPS旨在成为用于分子动力学（MD）模拟的快速并行引擎。它仅提供少量功能来设置模拟和分析其输出。具体来说，LAMMPS 的构思和设计目的不是： l 通过 GUI 运行 l 构建分子系统或构建分子拓扑结构 l 自动分配力场参数 l 对MD模拟执行复杂的分析 l 以交互方式可视化MD模拟 l 绘制你的输出数据 多年来，通过添加到LAMMPS的功能或与LAMMPS紧密斜街或扩展外部工具，上述限制中的一些已经减少或消除。 如何执行上述任务可以考虑以下建议： GUI：LAMMPS可以构建为一个库，并且提供了一个包装库接口的Python包装器。因此，GUI界面可以用运行LAMMPS并可视化或绘制其输出的Python（或 C 或 C++，如果需要）编写的功能。这方面的例子在python目录中提供，并在 Python文档页面上进行了描述。此外，还有几个GUI前端。 建模：几个预处理工具与LAMMPS一起分发。其中一些将由其他MD代码（如 CHARMM、AMBER或Insight）生成的输入文件转换为LAMMPS输入格式。其中一些是简单的程序，可以构建简单的分子系统，例如线性珠状弹簧聚合物链。 moltemplate程序是一个真正的分子构建器，可以生成复杂的分子模型。LAMMPS 网站的前/后处理页面描述了用于此任务的各种第三方工具。此外，一些 LAMMPS内部命令允许重建或选择性地添加拓扑信息，并提供插入分子模板而不是原子以构建大分子系统的选项。 力场分配：假设提供CHARMM、AMBER 或 BIOVIA（前身为 Accelrys）力场文件，上面描述的CHARMM、AMBER和Insight转换工具也可以LAMMPS的格式分配力场参数。ParmEd和InterMol工具在各种 MD 模拟程序之间转换力场和拓扑数据方面特别强大和灵活。 模拟分析：对于后处理，可以将快照等LAMMPS输出转换为其他MD或后处理代码使用的格式。在某种程度上，这种转换可以通过连接到VMD molfile插件直接在LAMMPS内部完成。rerun命令还允许对现有轨迹进行一些后处理，并且通过能够读取各种文件格式，这也可以用于分析来自其他MD代码的轨迹。一些与 LAMMPS一起打包的后处理工具会进行这些转换。tools/pytho目录中提供的脚本可以提取和处理转储文件中的数据，以便更轻松地导入其他程序。 可视化：LAMMPS 可以通过其输出图像命令即时生成NETPBM、JPG或PNG 快照图像，并将它们传递给外部程序FFmpeg以从中生成视频。对于高质量的交互式可视化，有许多优秀的免费工具可供使用。
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