软件学习
Avogadro
Gromacs
Gaussian
Materials studio
LAMMPS
软件学习

  • LAMMPS讲解16-in文件定义模拟的基本规则

    同样，在LAMMPS中面对不同的研究对象，LAMMPS内置了不同的单位制。这个设置在LAMMPS中最常用。LAMMPS提供了很多方式设置邻居列表的更新频率。我们模拟的基本构成是原子。LAMMPS中内置了相当多的原子类型可以查看手册寻找自己需要的类型。在LAMMPS非键结相互作用即范德华和静电通过pair_style和pair_coeff命令设置。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解15-in文件的命令解析规则

    LAMMPS命令区分大小写。ASCII与UTF-8LAMMPS在内部需要并处理7位ASCII格式的文本。LAMMPS将尝试检测这一点，并将非ASCII字符替换为已知的ASCI等效字符。建议在LAMMPS输入、数据和潜在文件中完全避免使用此类字符。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解14- LAMMPS的in文件简介

    LAMMPS通过从输入脚本读取命令来执行计算，一次一行。当输入脚本结束时，LAMMPS退出。每个命令都会导致LAMMPS立即采取一些行动，而不考虑以后可能处理的任何命令。LAMMPS 检测到许多输入脚本错误并打印错误或警告消息。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解13-LAMMPS编译过程

    在终端输入source ~/.bashrcwhich mpirun若输出了mpirun的目录则mpich安装配置成功第八步终端输入执行以下命令cd /home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src第九步打开目录/home/me/software/解压出来lammps文件夹名称/src/MAKE/OPTIONS下的Makefile.g++_mpich文件。在文件以下位置修改为MPI_INC = -DMPICH_SKIP_MPICXX -DOMPI_SKIP_MPICXX=1 -I/home/me/software/mpich/includeMPI_PATH = -L/home/me/software/mpich/libMPI_LIB =FFT_INC = -I/home/me/software/fftw/includeFFT_PATH = -L/home/me/software/fftw/libFFT_LIB =保存退出。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解12- LAMMPS不能做的

    LAMMPS旨在成为用于分子动力学模拟的快速并行引擎。LAMMPS 网站的前/后处理页面描述了用于此任务的各种第三方工具。此外，一些 LAMMPS内部命令允许重建或选择性地添加拓扑信息，并提供插入分子模板而不是原子以构建大分子系统的选项。一些与 LAMMPS一起打包的后处理工具会进行这些转换。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解11-LAMMPS能做的

    这些是你可能认为不是典型经典MD内容的LAMMPS功能:l静态和动态负载平衡，可选递归二等分分解l一般化的非球形颗粒l随机旋转动力学stochastic rotation dynamics l实时可视化和交互式 MD，内置图像和视频渲染器l计算虚拟衍射图案l计算有限温度声子色散和最小化结构的动力学矩阵l与有限元

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解10- LAMMPS介绍

    部分LAMMPS功能还支持OpenMP多线程、矢量化和GPU加速。所有版本都可以以源代码形式在LAMMPS网站下载。LAMMPS旨在易于修改或扩展新功能，例如新的力场、原子类型、边界条件或操作。LAMMPS包含的相互作用大多是短程的，但还包括一些长程作用。LAMMPS使用邻居列表来跟踪附近的粒子。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解09-并行通信算法

    在大多数情况下，LAMMPS数值积分原子，分子或者宏观颗粒等粒子的牛顿运动方程。为了计算效率，LAMMPS采用邻居列表的方法来追踪某个粒子周围对其产生相互作用的粒子。在多核并行计算时，LAMMPS采用基于空间分配技术将模拟区域分割为小的三维子区域，然后将每一个子区域分配给一个处理器进行计算。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解08-牛顿方程的数值解法和周期性边界条件

    周期性边界条件具有两个特点。周期性边界条件要求在计算边界附近原子的受力时，不仅要考虑本身模拟区域中截断半径以内的原子，还要将最近的周期性镜像区域中处于截断半径所表征区域内的原子也考虑在内，这就等价于考虑了在对面边界附近的原子。

    2023-02-15 0 0 0 0

  • LAMMPS讲解07-温度、压强

    温度对于分子动力学模拟是一个很重要的物理量，因为分子动力学一般用来 模拟凝聚态，如果温度过高就气化了。压强在分子动力学中这样定义的其中，V是系统体积。第一项来自原子热运动的贡献。压强和温度都是强度量，就是说其值与系统规模无关。更多分子动力学的细节将结合 LAMMPS 使用过程进行介绍。

    2023-02-13 0 0 0 0
共有39页首页上一页33343536373839下一页尾页
技术支持： CLOUD | 管理登录
seo seo