compute chunk/atom可以把具有部分特征的原子归结为一个chunk，然后供后面带chunk的compute和fix style进行计算。compute chunk/atom中的bin/1d，bin/2d，bin/3d可以将模拟盒子分解为一维，二维和三维网格，如
近年来纳米流动受到了更多的关注。纳米流动的建模相对简单。这也是纳米流动最常用的模型。然而，纳米流动的出现使得滑移边界条件再次进入人们的视野。查阅文献找到纳米流动或微流动散热器件设计的可能性。在LAMMPS中泊肃叶的流动通过对所有流体原子施加一个固定的力来实现模拟。
LAMMPS模拟通常有两个阶段，设置和运行。LAMMPS会尝试标记错误并打印错误消息，以便解决问题。对于给定的命令，LAMMPS需要以指定顺序的某些参数。非法数字会导致LAMMPS运行缓慢或崩溃。同时，LAMMPS可能挂起的一种方式是由于不同的MPI实现如何处理消息的缓冲。
在进行LAMMPS模拟的时候经常会要求对固体表面进行羟基化。如果使用MS则需要建模后使用msi2lmp进行data文件转换。这里提供一种新的方法，即使用moltemplate建模，然后利用LAMMPS中的fix bond/create 进行羟基化。同时这是一种通用性很高的方法对于实现固体表面接枝官能团或接枝分子刷都是适用的。建模思路是首先在moltemplate中建出铜块和铜块上部的排列整齐的羟基基团。
# ----------------- Init Section -----------------dimension 3boundary f f funits metalneighbor 3.0 binneigh_modify every 1 delay 0 check yesatom_style
本例发布氯化钠NaCl熔盐粘度和扩散系数模拟。力场参数取自文献Solid–solid phase equilibria in the NaCl-KCl system。粘度通过Green-Kubo关系计算，还可以通过其他方法获得更为准确的粘度。扩散系数通过均方位移计算。在本例in文件的基础上还可以计算热导率，RDF等其他参数。
耗散粒子动力学是专为流体而开发的介观粗粒化模拟方法。这也是耗散粒子动力学的名字的由来。本专题主要介绍原始的耗散粒子动力学。在LAMMPS中主要通过pair dpd进行基础或原始耗散粒子动力学模拟。因此在耗散粒子动力学中系综一定要采用fix nve。在耗散粒子动力学中比较重要的是边界条件的设置。
表面纳米气泡是现在的一个研究热点。本例发布纳米气泡的电润湿模拟。电润湿通过在近壁区施加一个力来等效电润湿。可以看到当电润湿施加后纳米气泡的形态发生了很大的变化。由于气体原子个数时固定的，当纳米气泡接触角减小的同时，气泡体积也大幅减小。
本例发布平直液面的表面张力计算过程。使用的是水的SPCE模型。将得到的pyy和pzz取平均就得到了平行于液面的压强pt，而pxx就是垂直于液面的压强pn。将pn列减去pt列，并将得到的结果乘以bin的厚度，此处是1埃。将最终得到的结果列求和除以2就是表面张力值。本例计算出的表面张力值是54mN/m，文献值是52mN/m，实验值是72mN/m。
本例发布如何结合Ligpargen和moltemplate建立离子液体的in和data文件。采用相同的方法建立阴离子的一个分子的data文件。后续的分析可以在in文件中添加内容得到。
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