有时候平衡状态下高分子的状态是自发伸展的活蜷缩的，怎么通过命令强迫高分子进行伸展或蜷缩。答案是使用fix spring/rg command该命令对group中的每个原子施加一个弹簧力是的高分子的回转半径趋向设定值。比如平衡状态下高分子是蜷缩的，那么可以设定一个较大的回转半径值，使的高分子的回转半径从小变到达实现伸展。
Enhanced Monte Carlo 是除moltemplate之外另一款与LAMMPS完美对接的建模软件，功能也很强大。EMC的主页是：https://montecarlo.sourceforge.net/emc/Welcome.htmlEMC同时支持Windows，Linux和MacOS，在主页下载对应的版本就行。EMC提供的是可执行文件，因此无需编译。
内容来自公众号：分子模拟全能助手LAMMPS的计算功能强大，作为计算引擎首屈一指，但是LAMMPS后处理功能不充分。vmd是一款优秀的开源可视化及后处理工具之一。使用vmd对LAMMPS的轨迹进行氢键分析需要LAMMPS输出特定格式的轨迹。由于后缀是.xyz所以vmd可以直接识别，把轨迹拖入vmd的主窗口就可以自动读取了。结束后，氢键信息就在输出的文件中了。
本节介绍了包装 LAMMPS 的商业和免费软件，为开发模型、运行仿真和分析结果提供了一个用户友好的环境。MedeA使用流程图简化了LAMMPS模拟。Scienomics为 LAMMPS用户提供完整的电话和电子邮件支持。XenoView可以导出可在LAMMPS中用于大规模模拟的数据文件和输入脚本。l直接从 Python 调用 LAMMPS 并立即检索结果数据或 LAMMPS 错误语句。
当LAMMPS读取输入脚本时，它会在屏幕和日志文件中打印有关设置模拟所采取的重要操作的信息。当运行结束时，LAMMPS会打印最终的热力学状态和模拟的总运行时间。这些线程计时仅针对第一个 MPI 等级测量，因此，由于 MPI 任务的细分可以从 MPI 等级更改为 MPI 等级，因此对于各个等级，这种分解可能非常不同。
LAMMPS可执行文件的名称是lmp或 lmp_machine，其中machine是编译LAMMPS时使用的机器字符串。当LAMMPS运行时，它会在屏幕上打印信息和一个名为log.lammps的日志文件。如果LAMMPS在输入脚本中或在运行模拟时遇到错误，它将打印错误消息并停止或警告消息并继续。LAMMPS可以在任意数量的处理器上运行相同的问题，包括单个处理器。
如果不设置该条命令，那么LAMMPS就会输出默认信息。LAMMPS实现这个命令的方式是通过计算原子之间的受力和能量，通过一些优化算法，移动原子的位置从而是体系总能量达到尽可能小。该命令是LAMMPS中极其重要的一类命令。比如在LAMMPS中nve系综就是只直接求解牛顿方程而不对速度和位置做任何干涉的系综。其设置是run 1000000以上就是弛豫部分。
很多情况下我们需要对研究对象的不同部分施加不同的操作。LAMMPS中通过对对象中的原子进行分组实现。第二十条命令 group。
第十五条命令pair_coeff。根据定义的pair_style和粒子type的个数来决定pair_coeff的内容和条数。具体书写时可查看手册中对应的pair_style的例子。感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511
建立data文件称为LAMMPS的建模过程。LAMMPS的建模是个非常重要的步骤。对于分子结构需要自己使用第三方工具或者编程建立data文件实现。我习惯于自己写data文件建立模拟对象的构型。这里不再赘述，后面会专门讲LAMMPS建立data文件的教程。data文件中的信息要根据atom_style和分子的拓扑结构进行建立。
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