使用LAMMPS模拟了十六烷在npt系综下的扩散系数和回转半径随时间的变化。十六烷采用OPLSAA联合原子力场。十六烷的扩散系数通过均方位移得到。在计算高分子的扩散系数是有两种方法，第一种直接计算所有原子的均方位移并对于所有原子取平均即g_1，第二种计算每个分子质心的均方位移并对所有分子取平均，即g_3。
采用OPLS-UA模型使用moltemplate建立十六烷的模型。
所以这个专题重点讲解怎么进行相关机械变形的设置。因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。还有不建议使用分子动力学进行体相材料的拉伸等模拟。边界条件使用fix nvt就行。听过要加缺陷才能出现疲劳损伤，可以在下面的in文件中添加一个缺陷试试。
所以这个专题重点讲解怎么进行相关机械变形的设置。主要以一根纳米铜柱为例进行模拟。因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。还有不建议使用分子动力学进行体相材料的拉伸等模拟。边界条件使用fix nvt就行。
因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。如进行拉伸时，材料在垂直拉伸方向应该会出现收缩。体相模拟需要借助周期性边界条件，在周期性边界条件下实现盒子缩放需要使用fix npt但是npt又会干扰材料正常的力学响应。边界条件使用fix nvt就行。
所以这个专题重点讲解怎么进行相关机械变形的设置。主要以一根纳米铜柱为例进行模拟。因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。相反fix move是材料内部变化的真实反映。还有不建议使用分子动力学进行体相材料的拉伸等模拟。如进行拉伸时，材料在垂直拉伸方向应该会出现收缩。边界条件使用fix nvt就行。
从MS中导出LAMMPS的data文件在导出模型之前先做两件事，第一是把模型box在Z方向加大一点，可以避免Z方向上由于周期性而导致非物理的作用和现象发生，也就是说避免基底在液滴上方对水分子有作用，第二是给模型赋力场。势函数参数可以写在data文件中，也可以写在in文件中。
Gaussian 09输入由写在ASCII文本文件中一系列的行构成。这一部分在输入中是必须的，但是不 被Gaussian 09程序分析。大多数Gaussian 09任务只包括第二、三、四部分。输入语法一般情况下，Gaussian 输入遵循下面的语法规则： 自由格式输入，且大小写无关。在整个 Gaussian 09 系统中，所有的关键词和选项都可以简化为最短的可区分的缩写形 式。
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