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LAMMPS讲解60-剪切这部分模拟我不是很熟悉，但是可以写出一些基本的in文件。这部分大难点应该是建立各种位错和孪晶（我不会）和机械变形导致的结构变化分析（我也不会）。所以这个专题重点讲解怎么进行相关机械变形的设置。主要以一根纳米铜柱为例进行模拟。在进行模拟时我推荐使用fix move方法而不是fix deform。因为fix deform是人为根据盒子的变形将原子位置进行重排。这对于变形不大的情况下是合适的，但是通常变形模拟需要实现材料断裂等现象，这个时候断裂出现的时候原子不会反映应力导致的剧烈变化。相反fix move是材料内部变化的真实反映。还有不建议使用分子动力学进行体相材料的拉伸等模拟。因为边界条件不好控制。如进行拉伸时，材料在垂直拉伸方向应该会出现收缩。体相模拟需要借助周期性边界条件，在周期性边界条件下实现盒子缩放需要使用fix npt但是npt又会干扰材料正常的力学响应。所以比较适合的是对纳米尺度的材料进行力学观测。边界条件使用fix nvt就行。 dimension 3 boundary p p p units metal atom_style atomic neighbor 3.0 bin neigh_modify every 1 delay 0 check yes pair_style eam
region box block 0 119.295 0 36.15 0 119.295 units box create_box 1 box
lattice fcc 3.6150 region Cu block 0 119.295 0 36.15 0 119.295 units box create_atoms 1 region Cu
pair_coeff * * Cu_u3.eam
region left block INF 0.1 INF INF INF INF units box group left region left region right block 117.1 INF INF INF INF INF units box group right region right
group cu subtract all left right
timestep 0.002 thermo 100 thermo_style custom step temp pxx pyy pzz thermo_modify flush yes
velocity cu create 300 5645354 loop local dist gaussian rot yes dump mydump1 all atom 10000 atom1.lammpstrj
fix fxnvt cu nvt temp 300.0 300.0 0.2
run 100000
fix 1 right move linear 0.0 0.0 0.01
run 500000
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