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  • LAMMPS讲解36-有机分子热分解的ReaxFF模拟及活化能计算

    关于这个主题只要能细致地考究ReaxFF力场参数的细节,就可以获得准确的结果。本例发布采用ReaxFF计算有机分子的热分解并说明如何计算活化能。如果要观察分子式如何分解,即键是如何断裂和生成的,可使用公众号中的脚本:小工具之ReaxFF成键断键可视化。所以再次证明ReaxFF只要有可靠的力场就能很准确的模拟化学反应。

    2023-02-16 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解35-ReaxFF力场之Qeq电荷计算参数验证

    ReaxFF已经存在很多的力场参数。本节介绍力场参数的验证过程。目前在LAMMPS中只用Qeq方法进行电荷动态平衡。该方法要求有三个参数分别是chi eta gamma对于LAMMPS来说,可以直接采用ReaxFF中力场文件中的参数,也可以自己单独写一个文件定义这些参数。这里采用LAMMPS计算ReaxFF所得到的电荷并与采用量子化学的电荷进行对比。具体的Qeq参数见下表。

    2023-02-16 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解34-ReaxFF力场之键结参数验证-对比DFT和ReaxFF

    验证的主要过程就是对比由DFT计算得到的能量和ReaxFF计算得到的能量,分子越简单能量对比越有效。得到的能量的单位是Hartree,需要转换为Kcal/mol以和lammps的计算结果进行对比。在对比DFT结果和ReaxFF结果时都会采用相对能量,即将所有计算得到的能量减去能量的最小值。

    2023-02-16 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解33-水泥体系的钙矾石拉伸的LAMMPS模拟

    使用ReaxFF研究水泥基体系是其重要的应用,可以研究其腐蚀老化等化学反应机理。本例发布钙矾石的拉伸性能模拟。文件未经过测试,欢迎反馈问题。的勾选建完的模型如下图,超出盒子的不是会由周期性边界条件显示的原因。

    2023-02-16 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解32-两种局部应力计算方法

    到目前为止使用LAMMPS有两种计算局部应力的方法。第一种可以在LAMMPS的所有版本中使用,第二种仅限于lammps-1Feb14版本。当然你可以修改Nakamura的源代码使其适应LAMMPS的最新版本。第一种LAMMPS原生支持可以对任何体系进行计算,但是统计涨落较大并且在界面处应力计算会出错。所以利用LAMMPS中的compute stress/atom是可以直接计算界面的表面张力的。

    2023-02-15 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解31-纳米流动剪切应力计算方法对比

    前面的例子讲到LAMMPS中原生的计算局部应力的方法只适应于体相系统,而不能在界面上进行计算。这个结果可以通过修正计算应力的方法来得到正确的pxx。在剪切驱动流动根据定常流动的力学平衡,可以确定剪切应力在不同位置出应该为定值。而IK方法则完美的计算出了定值的剪切应力,说明IK方法的正确性。

    2023-02-15 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解30-初始密度很小使用npt弛豫如何防止出现PPPM错误(NaOH溶液例子)

    本例发布OPLSAA力场下的NaOH溶液的in和data文件,获取请加微信lmp_zhushou只需要把一个长run打断成多个短run就可以避免出现PPPM错误,以下是NaOH溶液例子弛豫的例子# ----------------- Init Section -----------------uni

    2023-02-15 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解29-铁表面镀碳膜-a toy case

    铁表面镀碳膜,一个简单的示例。

    2023-02-15 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解28-ReaxFF防止弛豫发生分解反应

    当使用建模软件建好有机模型后在弛豫的时候分子通常都会发生分解。

    2023-02-15 0 0 0 0
  • LAMMPS讲解27-乙醇水溶液液滴-moltemplate结合packmol建模

    moltemplate可以结合packmol进行建模。很方便,但是有几个细节需要注意。在lt文件的atom定义部分和xyz或pdb文件中原子顺序要一致。后面system.lt阵列的时候也要按照import的顺序。参考后面的各个文件就可以照猫画虎生成自己的data文件。

    2023-02-15 0 0 0 0
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