本期是润湿系列教程的第三期，主要讲解使用MS建立基底，并与上期使用Packmol建立的液滴合并，导出之后即可进行下一步操作，即模拟。MS建立基底在实际的模拟，基底常常会有不同的结构，使用atomsk可以轻易得到，我们在这里不讲解关于atomsk的操作。
将该脚本命名为Droplet.inp,将Packmol执行程序、分子模板文件和Packmol脚本文件放进同一个文件夹，如下图：打开命令窗口，使用以下命令即可完成建模。感谢鲍路瑶老师的分享，内容来自于鲍老师分享出来的资料如有需要添加微信：lmp_zhushou 进入微信群，帮助他人，共建社区获取完整版lammps讲义可以加微信lmp_zhushou或加入QQ群994359511
使用Packmol建立液滴模型需要以下几个文件：Packmol执行程序、分子模板文件和Packmol脚本文件。Packmol脚本文件下面开始准备Packmol脚本文件，本文以球形液滴为例。Packmol脚本文件的逻辑非常简单，即：读入分子模板==把指定数量的分子放入指定区域==写出模型文件。
Packmol使用方法非常简单，只需少量脚本就可以建立比较复杂的模型，如下图所示。我们将使用Packmol建立所需形状的各类液滴，比如水滴、离子液滴、溶液液滴等。类似于Packmol，Atomsk同样具有容易上手，脚本简单，功能强大的特点，特别对于各种晶体模型的建立很方便。模拟主要靠LAMMPS全家桶，包括lammps主程序以及一些附件工具，如msi2lmp等。
上一节中的水分子模型采用TIP4P/2005模型。在弛豫完成后通过将水滴向下移动一段距离使其与下壁面接触从而自发润湿。在移动水滴时要调试移动距离以确保水滴下端距离下壁面足够近，但又不会引发原子重叠，一般距离3埃左右为宜。
下面介绍如何使用moltemplate建立上图的模型。LAMMPS的使用重点前处理任务之一就是建立模型。实现LAMMPS的通用建模方法是很困难的。在这些工具中moltemplate是一款专门为LAMMPS建模开发的软件，与LAMMPS是无缝衔接的。假设moltemplate在路径/home/user下。通过阵列复制moltemplate内部自动处理atom id，type以及坐标这些信息。moltemplate没有GUI界面和LAMMPS一样通过编写文本文件然后读入文件内容执行。
由于热导率和粘度计算过程不一样需要分开计算，但两个计算可以共享一个弛豫后的restart文件。RNEMDS方法的原理是将模拟盒子划分为偶数个薄层，然后人为的交换最中间的一层与最两边两层之间的速度，从而形成由中间流向两边的热流或动量流。
Green-Kubo方法的计算热导率的原理是利用系统热流的时间自相关函数进行计算，其公式为由于体系是各向同性的所以xyz三个方向上的热流自相关函数计算出来的热导率应该是相同的，所以可以计算出来三个方向上的热导率系数然后取平均。在LAMMPS中利用compute heat/flux来计算系统的热流。
所以，我对分子动力学直接模拟纳米流体的热物性参数，甚至流动现象并不看好。但是针对纳米流体我们还是可以去研究很多基础传热方面的问题。下面分为两个部分进行介绍纳米流体的基本研究过程。基本传热性质采用球套球的方式进行模拟。
滑移长度采用纳维尔模型计算L_s=v_s/gamma，其中v_s和gamma分别为液体在固液界面处的滑移速度和剪切率。粘度分布计算液体温度随剪切率显著升高会影响液体的粘性。不同固液相互作用强度下液体的粘性随界面剪切率（驱动力）的变化关系，如下图由此不同条件下滑移长度和热阻长度就可以计算出来，进行分析。
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