对重原子添加 3 套 d 函 数和一套 f 函数，对氢原子添加两套 p 函数。例如，AUG-cc-pVTZ 基组为氢原子添加一个 s， 一个 p 和一个 d 弥散函数，为 B-Ne 和 Al-Ar 的原子添加一个 s，一个 p，一个 d 和一个 f 弥散函数。下面的表列出了 Gaussian 09 中每种内置基组的极化和弥散函数，以及应用范围：
u CEP-31G：Stephens/Basch/Krauss 的 ECP 分裂价基组[Stevens84, Stevens92, Cundari93]。
方法和基组的组合定义一个Gaussian的模型化学，也就是定义理论级别。有些使用密度泛函方法的任务 还可以包含密度拟合基。下表列出了Gaussian使用的方法，以及每种方法可用的任务类型。l ONIOM 和 IRCMax 的任务需要多种方法的说明。l 前面提到的模型 2//模型 1 的形式，可用于在几何优化之后，自动在优化的结构上进行单点能计算。
Gaussian 09 输入文件的执行路径部分定义了执行的计算类型。这部分内容有三个关键 部分： u 任务类型 u 计算方法 u 基组 下面的表列出了 Gaussian 09 中可以使用的任务类型： 一般而言，只能指定一种任务类型关键词。注意 Opt Freq 计算不能使用此语法。预测分子特性 下面的表格给出了常用预测量与产生这些量的 Gaussian 09 关键词之间的对应关系：
一般情况下，Gaussian 输入遵循下面的语法规则： u 自由格式输入，且大小写无关。u 在整个 Gaussian 09 系统中，所有的关键词和选项都可以简化为最短的可区分的缩写形式。无论 Conventional 和 Convergence 是否都是给定关键词的有效选项，都要遵守这一规则。u 在 Gaussian 09 输入文件中，可以包含外部文件内容，使用的语法为：@文件名。
理解LAMMPS代码工作方式的第一也是最基础的方法就是明白一个时间步使如何执行的。一个时间步是通过调用Updata类中的积分类实例的方法来实现。Modify类存储了所有的Fix对象，以及一个列表来记录在时间步的哪个阶段调用哪个fix。Fix是LAMMPS中用来针对一个模拟来在一个时间步内实现某种操作。LAMMPS会通过Neighbor类中的build()方法来重建邻居列表。
尽管并五苯分子仍平行于基底，但是SAM的加入能使并五苯分子取向更加有序。粗糙SAM和粗糙SAM表面上不同分子层的质心高度随沉积分子数的变化。结果表明，粗糙度会引起表面自由能的变化，从而调控了有机半导体分子沉积的动力学行为。
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具体的in文件如下： ######################### ## #### Pentacene in file #### ######################################################## Initial setup ###########
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