bd-temp [K]: bd-fric [amu ps-1]: 布朗动力学的摩擦系数。ld-seed (-1) [integer]: 用于初始化随机和布朗动力学热噪声的随机生成器。当 ld-seed 设置为 -1 时，使用伪随机种子。在多个处理器上运行 bd 或 sd 时，每个处理器使用一个等于 ld-seed 加上处理器编号的种子。
插入能量的分布被写入 mdrun -tpid 选项指定的文件。gmx convert-tpr会自动执行此操作。yes: 按照 mts-level2-forces 的规定，每 mts-level2-factor 个积分步使用 multiple timing-stepping integrator 估算相应力。mts-level2-forces : 仅在每个 mts-level2-factor 步骤中评估的一个或多个力组列表。使用 dihedral 时，将选择所有二面体，包括cmap。
include: 接包含 .top 文件的文件夹路径，格式为：-I/home/john/mylib 或 -I../otherlib，该选项可有可无。-DPOSRES：用于位置限制，告诉 grompp 启用 .top 文件中定义并引入的 posre.itp。
在 Gaussian 09的执行[Chen94, Millam99, Li00]中，通过使用非常准确的基于Hessian的算法把通常 的方法作了推广，它在局部二次曲面上结合了预测步骤，接下来是校正步骤。当指定了关键词ReadStop，接下来要指定终止标准。如果VibEng 0，则初始速 度方向相反。Update=n BOMD 默认在每一点进行二阶求导。使用 Update 关键词会使程序在计算新的 解析 Hessian 之前，在 n 个梯度点上更新 Hessian。
BD 说明 这个方法关键词请求 Brueckner 双激发计算[Dykstra77, Handy89, Kobayashi91]。BD 具有解析梯 度[Kobayashi91]。BD-T 是 BD的同义词。FC 这个关键词可以使用所有的冻芯选项。完整的信息参见 FC 选项的说明。MaxCyc=n 指定最大的循环次数。非限制开壳层计算可用于 BD 能量和梯度。例子 BD 能量出现在输出文件中标记为 E，在最后一步关联迭代之后： 能量单位是 Hartree。
但是注意， ChkBasis，ExtraBasis，Gen和Pseudo关键词将在各自的部分讨论。# 说明 Gaussian 任务的执行路径部分需要以井号（#）开始，作为一行的第一个非空格字符。ADMP属于分子动力学的扩展Lagrangian方法，使用Gaussian基函数和密度矩阵传播。执行CP计算通常用平面波基组。Lowdin 使用 Lwdin 基做为正交归一集。如果原子质量指定为整数，程序将自动使用相应的真实同位素质量。
下面的表列出了 Gaussian 09 的构成程序——也就是所说的链接——及其主要功能：
Gaussian提供了大量的测试任务集，以及相应的输出文件。测试1，28，94，155，194，296和302包含了Gaussian的一系列功能。运行测试文件前，重命名已存在的Default.Route文件 如果选择运行某些或全部Gaussian测试任务，需要保证它们使用了程序内置的默认设 置。例子 脚本submit.csh可用于运行测试任务。
如果购买了 Gaussian 源代码，那么 Linda 在另外的 CD 中发布。用Linda运行Gaussian Linda并行程序模型涉及在当前处理器运行的主程序，以及一些可运行于其它网络节点 的工作处理器。因此Gaussian 09/Linda的运行必须指定使用的处理器数目，以及运行任务 的处理器列表，有时还要指定其它任务参数。Gaussian 09/Linda特定条目的说明见下。注意，早期版本Gaussian使用的%NProc指令已经作废。
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