Default.Route 中列出的命令只改变默认值；这些命令将用输入文件执行路径中定义的 命令覆盖。所有的站点想在 Default.Route 文件中用 MaxDisk 关键词指定擦写磁盘空间总量。Default.Route的限制 并不是所有的执行路径关键词都能用于 Default.Route 文件。当一个任务开始的时候，Gaussian 检查当前工作目录，寻找这个名称的文件。
u Gaussian 09 默认的内存分配是 256 MB。Gaussian 初始化文件根据需要负责初始化其它别名和环境变量。所有的 Gaussian 用户需要在 UNIX shell 特定的初始化文件内执行 Gaussian 的初始化文件。这一机制允许多个Gaussian任务同时运行，并且使用一个共同的擦写目录。
脚本与Gaussian 运行Gaussian 09的脚本可以用几种方法创建。最后，可以建立循环，依次运行几个Gaussian任务。后者通过使用 Gaussian 09的@包含文件机制来包含： 用NQS执行批处理 Gaussian可以用UNIX系统支持的NQS批处理工具。
%Mem命令控制Gaussian使用的动态内存总量。如果Gaussian用在物理内存很有限的计算机上，使得默认的256 MB内存不可用，那么在安装时应当对默认算法和默认的内存分配进行合理的设置。关于提高Gaussian效率的更多细节参见效率的考虑。
Gaussian系统包含初始化文件，用于设置运行程序的用户环境。
未命名的擦写文件在Gaussian计算结束时默认被删除，命名的则被保存。%NoSave命令可以用来改变这一默认做法。但如果命名文件的%指令出现在%NoSave指令之后，文件将被保存。
在32位的操作系统如Windows和IA32 Linux，Gaussian 09可对直到16 GB的单个擦写文 件进行寻址，不需要把擦写文件分割成2GB大小的文件。然而，16 GB的总擦写空间限制是32 位整数固有的，无法用分割擦写文件的办法解决1 。Gaussian将对任何指定目录的位置自动产生唯一的文件名。Gaussian将对前两个片段产生文件名，第三个的名称给定为my_job。
Gaussian在计算过程中使用数个擦写文件。如果没有设置环境变量，则路径默认为Gaussian进程的当前工作 目录。但是，你可能想要保存检查点文件，用于以后其 它的Gaussian计算任务，用于可视化程序，或者重新开始失败的任务，等等。这可以通过在 Gaussian输入文件中使用%Chk命令，对检查点文件直接命名和/或为其提供路径来实现。
其它操作系统的等效信息，见随程序一起的附加说明。运行Gaussian涉及以下步骤： 创建描述所需计算的Gaussian输入文件。指定资源需求 以交互或批处理模式开始执行程序。在这一部分，我们假定已经创建了基本的Gaussian输入文件，我们的讨论将考察列表中的其余三项。
多个Gaussian任务可以合并为一个输入文件。每次任务的输入可以用下面形式的一行与 前面的任务步骤分开： --Link1-- 这是一个包含两步任务的示例输入文件： 这个输入文件在两种不同温度和压强下计算振动频率和进行热化学分析，首先是298.15K和一个大气压，接下来在300 K和两个大气压。注意--Link1—行之前必须有一个空行。
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