什么是能量优化与分子力学？分子力学 建立在经典力学理论基础上，借助经验和半经验参数计算分子结构和能量的方法，又称力场方法。在分子以及凝聚体内部，化学键都有“自然”的键长值和键角值，当满足这些条件时，体系的能量、以及内部原子间的相互作用均应满足某种极值条件。
所有的模型本质其实就是一套完整的坐标体系分子动力学模拟的初始模型的建立是基于研究性质的分子级别的结构模型。因为你是分析微观态，而微观态的系综又是通过时间平均出来的概率，所以是可以满足通过较小的微观态进行解决一些宏观态的机制。
分子动力学模拟解决的根本问题是描述相互作用的粒子在一定时间与空间中的演化规律。总体而言，分子动力学模拟方法是基于求解牛顿运动方程来确定粒子运动状态。在此条件下，可求解多粒子体系的运动方程，并开始进行分子动力学模拟。
还可以分析各种构型的分布啊，二面角等还可以没事加个电流来玩.......剩下的你就看文献吧到底学lammps还是gromacs？不知道你喜欢啥用啥想多学请自便大爷的，我这里整理的是GROMACS手册你问我这个是不是有点....怎么学习gromacs这个软件？
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