如果打算用超算的跑，你就不要去想安装了一切的处理方法，去找管理员这个大怨种去帮你处理你只需要考虑计算使用CPU还是GPU跑怎么选择？有钱去开GPU跑（X.00元/卡时），没钱CPU跑（0.0x元/核时）GPU比cpu快几十倍，所以这个性价比来说GPU还是划算的但是你不知道你跑GPU是否跑一半有问题所以开了GPU，最好在你的电脑上先跑不然你的钱如流水，眼睛一睁一闭发现问题钱冇得的了噢如果真有钱，建议自己课题组去买服务器如果需要买机时，我可以给你们进行推荐
若要启用 WSL，请在 PowerShell 提示符下以具有管理员权限的身份运行此命令：Enable-WindowsOptionalFeature -Online -FeatureName Microsoft-Windows-Subsystem-Linux。完成此操作后，wsl --set-version 命令应正常工作。
总的来说，GROMACS的构建将在运行“cmake”的机器上保持正确和合理的速度。
三、命令行分别输入：1 cat /etc/fstab EOF 2 .host:/ /mnt/hgfs fuse.vmhgfs-fuse allow_other,defaults 0 0 3 EOF4 exit 四、重启虚拟机后即可看到 mnt/hgfs 路径下的共享文件夹。
gromacs基本文件-参数文件MDP文件GROMACS的模拟参数文件。gromacs基本文件-运行输入文件TPR文件最终一步分子动力学模拟的输入文件Run input file ，二进制。gromacs基本文件-数据库文件aminoacids.dat：该文件保存GMX默认的蛋白质和核算的默认残基名称。gromacs基本文件-其他文件EDR文件模拟输出的系统能量文件。
非平衡分子动力学模拟非平衡分子动力学模拟是一种模拟方法，用于研究系统在非平衡态下的动力学行为。虽然利用线性响应理论或时间相关函数，可以根据平衡分子动力学模拟结果计算热导率、扩散系数和黏度系数等多种迁移系数，但这样的计算误差较大、精确度不高。
怎么理解速度方程？时长为啥只有ns级别：因为你模拟的系综都是微观态，而这种微观态的反应是通过时间来平均得到的，平均下来就是一点点了。帧数少，则统计分析会出现失真，帧数多则会影响计算速度，同时太占存储空间就像动画是一样的，每次一帧，连在一起就可以看出动画效果，我们也可以看出分子运动的轨迹效果
为了将分子动力学原胞有限立方体内的模拟，扩展到真实大系统的模拟，通常采用周期性边界条件。采用周期性边界条件，就可以消除引入原胞后的表面效应，构造出一个准无穷大的体积来更精确地代表宏观系统。
全称为统计系综。VTμ系综是一种描述开放系统的系综，它描述的是一个恒定化学势、恒定体积、恒定温度的系统。
什么是原子电荷？卢天, 陈飞武. 原子电荷计算方法的对比[J]. 物理化学学报, 2012, 28:1-18. doi: 10.3866/PKU.WHXB2012281RESP，全称Restrained ElectroStatic Potential，是由Kollman等人在1993年提出的计算原子电荷的方法。在Amber分子动力学模拟中，RESP是有机小分子计算电荷的标配方法。它需要配合使用量化计算软件获得静电势，然后进行限制性拟合计算得到。
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