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gromacs命令-gmx traj: 输出轨迹文件中的坐标x, 速度v, 力f, 盒子, 温度和转动能(翻译: 康文斌)
gmx traj [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-ox [<.xvg>]] [-oxt [<.xtc/.trr/...>]] [-ov [<.xvg>]]
[-of [<.xvg>]] [-ob [<.xvg>]] [-ot [<.xvg>]] [-ekt [<.xvg>]]
[-ekr [<.xvg>]] [-vd [<.xvg>]] [-cv [<.pdb>]] [-cf [<.pdb>]]
[-av [<.xvg>]] [-af [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-[no]com]
[-[no]pbc] [-[no]mol] [-[no]nojump] [-[no]x] [-[no]y] [-[no]z]
[-ng ] [-[no]len] [-[no]fp] [-bin ] [-ctime ]
[-scale ] gmx traj用于输出坐标, 速度, 力和/或盒子. 使用-com选项可计算各个组质心的坐标, 速度和力. 当指定-mol选项时, 索引文件中的数目被视为分子个数, 并对每一分子使用与-com选项相同的过程.
选项-ot输出每个组的温度, 如果轨迹文件中含有速度信息. 计算时没有对约束自由度进行修正! 此选项暗含-com选项. 选项-ekt和选项-ekr用来画每一个组的平东和转动动能, 同时在轨迹文件中提供当前的速度信息. 选项-cv和-cf可将平均速度和平均力作为温度因子输出到一个.pdb文件中, 其中的坐标为平均坐标或-ctime时刻的坐标. 程序会对温度因子进行标度, 使其最大值为10. 标度因子可以通过选项-scale来改变. 为得到某一帧的速度或力, 可以将选项-b和-e都指定为那一帧的时间值. 当对帧进行平均时, 你可能需要使用-nojump选项以得到正确的平均坐标. 如果你选择了这些选项中一个, 还会将每个原子的平均力和平均速度写入一个.xvg文件(由-av和-af选项指定). 选项-vd可用于计算速度分布, 即, 输出向量的模. 另外, 同时会给出动能的分布. 输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng | -s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent | -n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 | -ox [<.xvg>] | coord.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -oxt [<.xtc/.trr/...>] | coord.xtc | 输出, 可选 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng | -ov [<.xvg>] | veloc.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -of [<.xvg>] | force.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -ob [<.xvg>] | box.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -ot [<.xvg>] | temp.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -ekt [<.xvg>] | ektrans.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -ekr [<.xvg>] | ekrot.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -vd [<.xvg>] | veldist.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -cv [<.pdb>] | veloc.pdb | 输出, 可选 | Protein data bank文件 | -cf [<.pdb>] | force.pdb | 输出, 可选 | PDB文件 | -av [<.xvg>] | all_veloc.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | -af [<.xvg>] | all_force.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 | 控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice | 19 | 设置优先级 | -b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) | -e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) | -dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 | -tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s | -[no]w | no | 查看输出.xvg, .xpm, .eps and .pdb文件 | -xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none | -[no]com | no | 输出每组质心的数据 | -[no]pbc | yes | 对质心, 使分子保持完整 | -[no]mol | no | 索引包含了分子数, iso原子数 | -[no]nojump | no | 移除原子对盒子边界的跨越 | -[no]x | yes | 输出x分量 | -[no]y | yes | 输出y分量 | -[no]z | yes | 输出z分量 | -ng <int> | 1 | 考虑的组的数目 | -[no]len | no | 输出向量的长度 | -[no]fp | no | 全精度输出 | -bin <real> | 1 | 速度直方图的分格宽度(单位: nm/ps) | -ctime <real> | -1 | 对-cv和-cf使用此时刻帧的x, 而不是平均的x | -scale <real> | 0 | .pdb输出的标度因子, 0表示自动选择标度 |
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