gmx saxs [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-d [<.dat>]] [-sq [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-xvg ] [-ng ] [-startq ]
[-endq ] [-energy ]
gmx saxs用于计算给定索引组的SAXS结构因子. 计算基于Cromer方法, 需要拓扑文件和轨迹文件.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-d [<.dat>] | sfactor.dat | 输入, 可选 | 通用数据文件 |
-sq [<.xvg>] | sq.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹读取第一帧的时间(ps) |
-e <time> | 0 | 轨迹读取最后一帧的时间(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-xvg <enum> | xmgrace | 绘制的格式: none, xmgrace, xmgr |
-ng <int> | 1 | 计算SAXS时组的数目 |
-startq <real> | 0 | 起始q值(1/nm) |
-endq <real> | 60 | 终止q值(1/nm) |
-energy <real> | 12 | 入射X射线的能量(keV) |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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