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gromacs命令-gmx sasa: 计算溶剂可及表面积(翻译: 白艳艳)
gmx sasa [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-odg [<.xvg>]] [-or [<.xvg>]] [-oa [<.xvg>]]
[-tv [<.xvg>]] [-q [<.pdb>]] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-tu ] [-xvg ] [-[no]rmpbc] [-[no]pbc] [-sf ]
[-selrpos ] [-probe ] [-ndots ] [-[no]prot]
[-dgs ] [-surface ] [-output ] gmx sasa用于计算溶剂可及表面积, 所用的算法可参考Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, Scharf M, J. Comput. Chem. 16, 273-284 (1995). 使用-q选项时, 还会将产生Connolly表面输出到.pdb文件中, 其中节点以原子表示, 连接最近节点的边作为CONECT记录. -odg选项用于估计溶剂化自由能, 估计时根据每单位暴露表面积每原子的溶剂化能进行计算.
此程序需要使用-surface选项来指定进行表面积计算的组. 体系内所有的非溶剂原子都包括在内, 并始终计算该组的表面积. 作为可选, -output可用于指定额外的选择, 它应该是整个计算组的一部分. 这些组的溶剂可及表面积会从整个表面积中抽取出来. 可使用-or和-oa选项来计算整个轨迹中每个残基和每个原子表面积的的平均值与标准偏差. 使用-tv选项可以计算分子的总体积和密度. 请注意在这种情况下正常的探针半径是否适合, 或者你是否要使用其他值, 如0. 请记住体积和密度的计算结果是非常粗糙的. 例如, 在冰Ih中, 可以很容易地将水分子放于孔道中, 这样得到的体积或过小, 而表面积和密度都过大. 输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 输入轨迹或单个构型: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng | -s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入, 可选 | 输入结构: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent | -n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 额外的索引组 | -o [<.xvg>] | area.xvg | 输出 | 总表面积随时间的变化 | -odg [<.xvg>] | dgsolv.xvg | 输出, 可选 | 溶剂化自由能估计值随时间的变化 | -or [<.xvg>] | resarea.xvg | 输出, 可选 | 每个残基的平均表面积 | -oa [<.xvg>] | atomarea.xvg | 输出, 可选 | 每个原子的平均表面积 | -tv [<.xvg>] | volume.xvg | 输出, 可选 | 总体积和密度随时间的变化 | -q [<.pdb>] | connolly.pdb | 输出, 可选 | Connolly表面的PDB文件 | 控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) | -e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) | -dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 | -tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s | -xvg <enum> | xmgrace | 绘图格式: none, xmgrace, xmgr | -[no]rmpbc | yes | 保持每帧中的分子完整 | -[no]pbc | yes | 计算距离时使用周期性边界条件 | -sf <file> | 使用文件提供的选择 | -selrpos <enum> | atom | 选择参考位置: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog,
part_res_com,part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog,
dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com, dyn_mol_cog | -probe <real> | 0.14 | 溶剂探针的半径(nm) | -ndots <int> | 24 | 每个球面的点数, 点数越多越精确 | -[no]prot | yes | 同时将蛋白质也输出到Connolly.pdb文件 | -dgs <real> | 0 | 单位面积溶剂化自由能的默认值(kJ/mol/nm^2^) | -surface <selection> | 表面计算选择 | -output <selection> | 输出选择 | 补充说明溶剂可及表面积是描述蛋白质疏水性的重要参数, 氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用. 输出文件area.xvg中有四列, 分别代表: 总表面积, 极性表面积, 非极性表面积, 溶剂化自由能. 最后一项是根据原子所属类型来定义的.
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