gromacs命令-gmx saltbr: 计算盐桥(翻译: 罗健)

gmx saltbr [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-nice ]
		   [-b ] [-e ] [-dt ] [-t ] [-[no]sep]

gmx saltbr用于计算带电组所有组合之间的距离随时间的变化, 这些组可以不同的方式进行组合. 可给出一个最小距离(也即截断距离), 计算时不会考虑距离从未小于此值的组.

程序会输出一些具有固定名称的文件: min-min.xvg, plus-min.xvg和plus-plus.xvg. 如果使用了-sep选项, 还会输出单个离子对的文件. 在这种情况下, 文件名格式为sb-(Resname)(Resnr)-(Atomnr). 这种文件的个数 非常多.

输入/输出文件选项
选项	默认值	类型	说明
`-f [<.xtc/.trr/…>]`	traj.xtc	输入	轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng
`-s [<.tpr/.tpb/…>]`	topol.tpr	输入	运行输入文件: tpr tpb tpa

控制选项
选项	默认值	说明
`-nice <int>`	19	设置优先级
`-b <time>`	0	从轨迹文件中读取的第一帧(ps)
`-e <time>`	0	从轨迹文件中读取的最后一帧(ps)
`-dt <time>`	0	只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
`-t <real>`	1000	不考虑从未小于此距离的组
`-[no]step`	no	对每个相互作用使用独立的文件(可能会有很多).

文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin

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