gmx rotmat [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-[no]w] [-xvg ] [-ref ] [-skip ] [-[no]fitxy]
[-[no]mw]
gmx rotmat用于输出将一个构象最小二乘叠合到参考构象所需要的旋转矩阵, 参考构象由-s选项提供. 叠合前会移除平动自由度. 输出为三个向量, 给出了 参考构象x, y和z方向的新的方向, 例如, (zx,zy,zz)为轨迹帧中参考z轴的取向.
此工具对于某些情况可能有用, 例如, 确定界面处分子的取向, 可能在轨迹中, 由gmx trjconv -fit rotxy+transxy移除在x-y平面内的旋转.
-ref选项可用于确定叠合的参考结构, 而不是使用来自-s的结构. 程序会使用到所有其他结构的RMSD总和最小的结构作为参考结构. 由于此过程的计算代价与帧数的平方根成正比, 使用-skip选项可能有帮助. 程序可以进行完全叠合或只进行x-y平面内的叠合.
使用选项-fitxy时, 在确定旋转矩阵前会先在x-y平面进行叠合.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | rotmat.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps以及.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-ref <enum> | none | 确定最优参考结构的方式: none, xyz, xy |
-skip <int> | 1 | 对-ref每n帧使用一次 |
-[no]fitxy | no | 确定旋转前先叠合x/y旋转 |
-[no]mw | yes | 使用质量加权叠合 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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