gmx rmsdist [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-equiv [<.dat>]] [-o [<.xvg>]] [-rms [<.xpm>]] [-scl [<.xpm>]]
[-mean [<.xpm>]] [-nmr3 [<.xpm>]] [-nmr6 [<.xpm>]]
[-noe [<.dat>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ] [-[no]w] [-xvg ] [-nlevels ]
[-max ] [-[no]sumh] [-[no]pbc]
gmx rmsdist用于计算原子距离的根均方偏差(RMSD, root mean square deviation). 该程序的优势在于计算时不需要叠合, 而gmx rms计算标准RMSD时则需要叠合. 参考结构取自结构文件, t时刻的RMSD定义为参考结构与t时刻结构原子对之间距离差值的RMS.
gmx rmsdist也可用于生成RMS距离的矩阵, 使用平均距离标度的RMS距离矩阵, 平均距离矩阵, NMR平均距离矩阵(1/r^3和1/r^6平均). 最终, 程序可以生成一个原子对的列表, 其中包含所有1/r^3和1/r^6平均距离小于最大距离(-max指定, 默认为0.6)的原子对. 默认情况下, 平均是对等价氢原子(以*[123]命名的所有氢原子三联对)进行的. 此外, 还可以提供其他等价原子的列表(-equiv), 列表中每行包含一组等价原子, 使用残基序号, 残基名称, 原子名字指定, 如:
残基名称和原子名称必须与结构文件中的精确匹配, 包括大小写. 程序没有规定如何指定非连续的原子.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-equiv [<.dat>] | equiv.dat | 输入, 可选 | 通用数据文件 |
-o [<.xvg>] | distrmsd.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-rms [<.xpm>] | rmsdist.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-scl [<.xpm>] | rmsscale.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-mean [<.xpm>] | rmsmean.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-nmr3 [<.xpm>] | nmr3.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-nmr6 [<.xpm>] | nmr6.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-noe [<.dat>] | noe.dat | 输出, 可选 | 通用数据文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-[no] | no | 程序运行结束查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-nlevels <int> | 40 | 离散化RMS的水平数 |
-max <real> | -1 | 矩阵中的最大水平数 |
-[no]sumh | yes | 对等价氢原子进行平均 |
-[no]pbc | yes | 计算距离时使用周期性边界条件 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
如有侵权联系我，我将删除
本文目的只为宣传使用
