gmx rms [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]]
[-f2 [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]] [-o [<.xvg>]] [-mir [<.xvg>]]
[-a [<.xvg>]] [-dist [<.xvg>]] [-m [<.xpm>]] [-bin [<.dat>]]
[-bm [<.xpm>]] [-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ]
[-tu ] [-[no]w] [-xvg ] [-what ] [-[no]pbc]
[-fit ] [-prev ] [-[no]split] [-skip ] [-skip2 ]
[-max ] [-min ] [-bmax ] [-bmin ] [-[no]mw]
[-nlevels ] [-ng ]
gmx rms通过计算均方根偏差(RMSD, root mean square deviation), 尺寸无关的ρ相似性参数(rho)或标度ρ参数(rhosc)来比较两个结构. 请参考Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995). 可利用-what选项来选择计算那个参数.
程序会将轨迹(-f)中的每个结构与参考结构进行比较. 参考结构取自结构文件(-s).
使用-mir选项, 还会与参考结构的镜像进行比较. 这可以作为一个很有用的参考’显著’值. 详见Maiorov & Crippen, Proteins 22, 273 (1995).
选项-prev会对当前帧的结构与前面指定帧中的结构进行比较.
选项-m将生成一个.xpm格式的矩阵, 其值为轨迹中所有结构彼此之间的比较值. 这个矩阵文件可以使用如xv之类的程序进查看, 也可以使用gmx xpm2ps将其转换为postscript格式.
选项-fit控制结构彼此之间的最小二乘叠合: 完全叠合(旋转和平移), 仅平移, 或不叠合.
选项-mw控制是否使用质量加权. 如果你选择了这个选项(默认), 并提供一个有效的.tpr文件, 程序会读取.tpr文件中的质量, 否则将会从GMXLIB目录下的atommass.dat文件中获取质量. 对于蛋白质这还可以, 但对于别的分子来说就未必了. 对未知的原子, 会分配默认的质量12.011 amu(碳原子). 你可以通过打开-debug选项并检查log文件来判断是否这样.
使用-f2选项, 程序会从第二个轨迹文件中读取’其他结构’, 并生成两个轨迹之间的比较矩阵.
选项-bin会对比较矩阵进行二进制转储.
选项-bm会产生平均键角偏差的矩阵, 类似-m选项. 比较时只会考虑比较组中原子之间的键.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构+质量(db): tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-f2 [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | rmsd.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-mir [<.xvg>] | rmsdmir.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-a [<.xvg>] | avgrp.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-dist [<.xvg>] | rmsd-dist.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-m [<.xpm>] | rmsd.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
-bin [<.dat>] | rmsd.dat | 输出, 可选 | 通用数据文件 |
-bm [<.xpm>] | bond.xpm | 输出, 可选 | X PixMap兼容矩阵文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-[no]w | no | 程序结束后查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-what <enum> | rmsd | 结构差异类型: rmsd, rho, rhosc |
-[no]pbc | yes | PBC检查 |
-fit <enum> | rot+trans | 叠合到参考结构: rot+trans, translation, none |
-prev <int> | 0 | 和前面的帧进行比较 |
-[no]split | no | 在时间为0的地方分割图 |
-skip <int> | 1 | 每nr帧写入矩阵一次 |
-skip2 <int> | 1 | 每nr帧写入矩阵一次 |
-max <real> | -1 | 比较矩阵的最大水平 |
-min <real> | -1 | 比较矩阵的最小水平 |
-bmax <real> | -1 | 键角矩阵的最大水平 |
-bmin <real> | -1 | 键角矩阵的最小水平 |
-[no]mw | yes | 重叠部分使用质量权重 |
-nlevels <int> | 80 | 矩阵的水平数 |
-ng <int> | 1 | 计算RMS的组数 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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