gmx protonate [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nice ] [-b ] [-e ]
[-dt ]
gmx protonate读取构象并根据oplsaa.ff/aminoacids.hdb文件中的定义添加所有丢失氢原子. 如果仅仅指定-s选项, 那么构象将会被质子化, 如果也指定了-f选项, 那么程序会从文件中读取构象, 可以是单个构象或者轨迹.
如果提供了一个.pdb文件, 那么残基名称可能与GROMACS的命名规则不一致. 在这种情况下, 这些残基很可能不会被正确地质子化.
如果指定了索引文件, 请注意原子数目应当与 质子化 状态相对应.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 结构文件: tpr tpb tpa gro g96 pdb brk ent |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入, 可选 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xtc/.trr/...>] | protonated.xtc | 输出 | 轨迹文件: xtc trr trj gro g96 pdb tng |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-b | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔
|
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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