gmx polystat [-s [<.tpr/.tpb/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.xvg>]] [-p [<.xvg>]] [-i [<.xvg>]]
[-nice ] [-b ] [-e ] [-dt ] [-tu ]
[-[no]w] [-xvg ] [-[no]mw] [-[no]pc]
gmx polystat用于计算聚合物的静态性质与时间的函数关系, 并输出其平均值.
默认情况下, 它会计算聚合物端到端的平均距离与回旋半径. 运行时, 程序需要一个索引组并将其拆分为分子, 然后使用索引组中每个分子的第一个原子和最后一个原子来确定端到端的距离. 程序会输出总的回旋半径, 以及平均回旋张量的三个主分量. -v选项用于输出本征向量. -pc选项用于输出每个回旋张量的平均本征值. -i选项用于输出内部距离的均方值.
-p选项用于计算持续长度. 所选索引组中应包含在聚合物主链上连续键合的原子. 持续长度根据索引间距为偶数的键之间的角度的余弦值确定, 不使用奇数间距的键, 因为直聚合物的骨架通常全是反式, 因此只能每两个键对齐一次. 持续长度定义为平均余弦值达到1/e时键的数目, 根据log()的线性内插确定.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-f [<.xtc/.trr/...>] | traj.xtc | 输入 | 轨迹文件: xtc trr cpt trj gro g96 pdb tng |
-n [<.ndx>] | index.ndx | 输入, 可选 | 索引文件 |
-o [<.xvg>] | polystat.xvg | 输出 | xvgr/xmgr文件 |
-v [<.xvg>] | polyvec.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-p [<.xvg>] | persist.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
-i [<.xvg>] | intdist.xvg | 输出, 可选 | xvgr/xmgr文件 |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 19 | 设置优先级 |
-b <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的第一帧(ps) |
-e <time> | 0 | 从轨迹文件中读取的最后一帧(ps) |
-dt <time> | 0 | 只使用t除以dt的余数等于第一帧时间(ps)的帧, 即两帧之间的时间间隔 |
-tu <enum> | ps | 时间单位: fs, ps, ns, us, ms, s |
-[no]w | no | 查看输出的.xvg, .xpm, .eps和.pdb文件 |
-xvg <enum> | xmgrace | xvg绘图格式: xmgrace, xmgr, none |
-[no]mw | yes | 计算质量加权的回旋半径 |
-[no]pc | no | 输出平均本征值 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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