gmx pme_error [-s [<.tpr/.tpb/...>`]] [-o [<.out>`]] [-so [<.tpr/.tpb/...>`]]
[-nice ] [-beta ] [-[no]tune] [-self ]
[-seed ] [-[no]v]
如果使用sPME算法, gmx pme_error可用于估计静电力的误差. -tune选项可确定划分参数, 以使得误差在实空间和倒易空间两部分之间均匀分布. 源于粒子自相互作用的那部分误差不易计算. 但是一个较好的近似方法是仅仅使用一部分粒子来计算此项, 这可使用-self选项完成.
输入/输出文件选项| 选项 | 默认值 | 类型 | 说明 |
|---|
-s [<.tpr/.tpb/...>] | topol.tpr | 输入 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
-o [<.out>] | error.out | 输出 | 通用输出文件类型 |
-so [<.tpr/.tpb/...> | tuned.tpr | 输出, 可选 | 运行输入文件: tpr tpb tpa |
控制选项| 选项 | 默认值 | 说明 |
|---|
-nice <int> | 0 | 设置优先级 |
-beta <real> | -1 | 如果是正值, 用此值覆盖.tpr文件中的ewald_beta值 |
-[no]tune | no | 调整划分参数, 以使得误差在实空间和倒易空间之间均匀分布 |
-self <real> | 1 | 如果处于0到1之间, 只根据这部分带电粒子来确定粒子间的自相互作用误差 |
-seed <int> | 0 | 当-self的值处于0.0到1.0之间时, 用于蒙特卡洛算法的随机数种子 |
-[no]v | no | 屏幕上输出更多信息 |
文章链接：GROMACS各类程序(名称排序)|Jerkwin
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